Dokładna data powstania pałacu nie jest znana. Wiadomo że powstał on po 1856 roku kiedy to Aleksander Kruzensztern, tajny radca dworu i senator Cesarstwa Rosyjskiego, stał się właścicielem dóbr dojlidzkich. Nadał on swojej siedzibie reprezentacyjny charakter wznosząc pałac w późnoklasycystycznym stylu i zakładając wokół niego rozległy krajobrazowy park. W 1886 roku cały majątek dojlidzki wraz z pałacem, parkiem, folwarkiem i browarem przekazał w posagu córce – hrabinie Zofii Rudygier. Hrabina nie interesowała się zbytnio ani majątkiem, ani miastem. W jej imieniu dobrami zarządzał jej plenipotent Rudolf von Brandestein, a sama więcej przebywała w Berlinie niż w Białymstoku. 

W 1897 roku w pałacu  przyjmowany był car Mikołaj II wraz z małżonką Zofią, którzy przybyli do Białegostoku obserwować wojskowe manewry. Ponieważ  szukali oni  "domu wyposażonego w najlepsze meble, obrazy i luksusowe przedmioty”, wybór padł właśnie na ten obiekt, który wówczas prezentował się najodpowiedniej.  Należy tu dodać że prawdopodobnie pałacowe wnętrza i jego wyposażenie było bardzo bogate z czego do dzisiaj prawie nic się nie zachowało.

W 1919 roku Dojlidy włączono w granice Białegostoku i cały majątek jako że był w posiadaniu obywatela  Rosji (Zofii proponowano przyjęcia polskiego obywatelstwa ale odmówiła) przejęły władze Państwowe. 

Tutaj zaczyna się jedna z największych afer międzywojennych. Opieszałość władz przejmowania majątku została wykorzystana przez hrabinę, która w tym czasie (2 lata) zdążyła go sprzedać Towarzystwu Przemysłowo-Leśnemu Dojlidy z Krakowa i Bankowi Ludowemu w Warszawie. Sprawa nabrała posmaku sensacji i skandalu politycznego, w który zamieszani byli posłowie PSL „Piast”.  Aby sprawę zatuszować czym prędzej dobra sprzedano Jerzemu Rafałowi Lubomirskiemu z Przeworska, który do końca już został ich właścicielem.  Książę Lubomirski skoncentrował się głównie na interesach. Rozbudował i doprowadził do rozkwitu browar, dzięki czemu stal się on największym zakładem piwowarskim w północno-wschodniej Polsce i 7. w kraju, produkując 1,5 mln piwa rocznie. Wykorzystał też stawy, znajdujące się w obrębie posiadłości, które dawały mu około 50 tysięcy kg ryb rocznie. 29 kwietnia 1932 roku sprzedał Skarbowi Państwa tereny na Krywlanach pod budowę białostockiego lotniska. Po wybuchu II wojny przeprowadził się do rodzinnego Przeworska, tam spędził okupacje. Do Dojlid nigdy nie wrócił.

Początek wojny był równocześnie końcem świetności pałacu. Najpierw wprowadzili się do niego Sowieci, potem w 1941 roku Niemcy urządzili w nim siedzibę nadprezydenta Prus Wschodnich i szefa niemieckiej administracji cywilnej Bezirk Bialystok- gauleitera Ericha Kocha. Aby zapewnić Kochowi maksymalne bezpieczeństwo, rozebrano zachodnie skrzydło pałacu i w jego miejsce zbudowano żelbetowy schron. Gauleiter spędził w nim nawet zimę 1942 roku, kiedy to istniało zagrożenie zamachu na jego osobę. W 1944 roku pałac został zdewastowany, całkowicie zniszczono wystrój wnętrza.. Po wojnie majątek rozparcelowano, browar upaństwowiono, park przekazano władzom miejskim, a pałac szkole rolniczej. Budynek chylił się ku ruinie. Na początku lat 90. otrzymała go Wyższa Szkoła Administracji Publicznej, która urzęduje tam do dziś. Obecnie ( w 2010 roku) trwają prace nad przywróceniem świetności pałacowemu parkowi z kompleksem stawów.