Pierwszy budynek Dworca, z muru pruskiego, został zbudowany w 1861 roku, po wybudowaniu w tymże roku linii kolejowej z kierunku Bydgoszczy (i włączeniu Torunia w system pruskiej sieci kolejowej) do Kutna (Warszawy) w 1862 roku. Początkowo nosił nazwę Toruń Przedmieście. W 1874 roku wybudowano gmach obecny w miejsce poprzedniego.
Na lokalizację dworca i głównych urządzeń kolejowych w Toruniu rzutował niekorzystnie system fortyfikacji. Fakt ten spowodował usytuowanie głównego dworca Torunia w oddaleniu od centrum i powstanie jedynie niewielkiej stacji osobowej Toruń Miasto w śródmieściu.
Rozwiąż zagadkę, tam szukaj, współrzędne są fałszywe.
STOI NA TORACH CHOĆ OD DAWNA JUŻ NIE JEŹDZI.
OGRODZONA PŁOTKIEM ZIELONYM OGRANICZJĄCYM DO NIEJ
DOSTĘP.