Historia kolejnictwa w tym wielkopolskim mieście zaczęła się 1889 r., kiedy to uzyskało ono połączenie biegnące z Inowrocławia do Krzyża. Po kilku latach, w 1901 roku, miasto połączyło się z Poznaniem a siedem lat później z Bydgoszczą. Można powiedzieć, że duży świat zawitał do Wągrowca.
W latach 2014-2015 budynek dworca wągrowieckiego oraz jego otoczenie zostały zmodernizowane oraz przystosowywane dla potrzeb osób niepełnosprawnych. Powstało Zintegrowane Centrum Komunikacyjne (Przeprowadzoną rewitalizację wągrowieckiego dworca i terenów przyległych zwieńczyło formalne włączenie Wągrowca do programu Poznańskiej Kolei Metropolitalnej, dzięki czemu zwiększyła się częstotliwość kursowania pociągów oraz powstała możliwość zakupu wspólnego "poznańskiego" biletu kolejowego, który jest równocześnie biletem na tramwaj i autobus w Poznaniu.
Wągrowiec wygrał konkurs "Dworzec Roku 2018" zorganizowany przez Fundację Prokolej i Fundację Grupy PKP.
W latach 2020-2022, kosztem 70 milionów złotych, wzniesiono w obrębie stacji Punkt Utrzymania Taboru Kolei Wielkopolskich obsługujący spalinowe zespoły trakcyjne.