Gotycka budowla wzniesiona w latach 1309-1424 jako kościół parafialny dla Nowego Miasta Torunia. Jedyny w Toruniu kościół o układzie bazylikowym (dwie naw boczne o potowe niższe od nawy głównej) z typowym dla zachodniej Europy systemom łuków przyporowych, ukrytych podczas podwyższania naw bocznych w XIV - XV w.
Prezbiterium otoczone skośnymi skarpami daje wrażenie wielobocznego zamknięcia. Lokalny klimat wnętrza tworzą gotyckie polichromie sklepienia, mistyczny krucyfiks Drzewo Życia z końca XIV w., renesansowe organy oraz łuk tęczowy, stalle i ołtarze z XVII - XVIII w. Część wyposażenia pochodzi z nieistniejącego kościoła dominikańskiego pw. św. Mikołaja. Świątynia w latach 1557-1607 należała do protestantów, następnie do 1832 r. do zakonu benedyktynek.
W roku 2021 został ustanowiony jednym z 48 w Polsce Kościołów Stacyjnych Jubileuszowego Roku Świętego Jakuba.