Stacja w Malborku powstała w 1852, a budynek dworca wybudowano w 1891. Wystawny obiekt zbudowany w staroniemieckim stylu był wizytówką miasta.
Dworzec w Malborku uniknął większych zniszczeń podczas II wojny światowej. W czerwcu 1945 po przekazaniu obiektu polskiej administracji żołnierze Armii Czerwonej próbowali podpalić dworzec, jednak pożar został szybko wykryty i ugaszony.
Wnętrze budynku zostało zachowane, z wyjątkiem herbu pruskiego nad kasami, który został przemalowany na polski.