Pierwsza historyczna wzmianka o kościele pochodzi z 1399 roku, lecz jego powstanie datuje się na XIII wiek. Wybudowano go z kamienia polnego oraz z zebranej na okolicznych polach rudy darniowej (brunatne elementy muru). Gotycki kościół pierwotnie był pod wezwaniem św. Jana.
W XVI wieku na fali reformacji przejęli go protestanci. Z kolei w czasach kontrreformacji władze cesarskie oddały kościół ponownie nielicznym już wówczas katolikom.
Jeszcze w XVII wieku wnętrze świątyni było bogato wyposażone. W ołtarzu głównym stały rzeźby: św. Jana, św.Barbary oraz Marii z dzieciątkiem. Uwagę przyciągała również złota snycerka.
Nieopodal kościoła stała drewniana plebania oraz szkoła dla dzieci katolickich. Otoczony kamiennym murem przykościelny cmentarz służył jako miejsce pochówku wiernym obu wyznań (do dziś przy kościele leżą - i niestety niszczeją – płyty nagrobne).
W miarę upływu czasu i zmniejszania się liczby katolików w okolicy kościół był coraz bardziej zaniedbywany i stopniowo popadał w ruinę. Ostatecznie przestał służyć wiernym w 1837 roku. W roku 1865 staraniem księcia Aleksandra Talleryanda właściciela Zatonia, gmina protestancka odkupiła dzwony wiszące w drewnianej dzwonnicy. Zamontowano je w tutejszym zborze ewangelickim.