Nazwa miejscowości pochodzi od patrona kościoła św. Mikołaja. W miejscu Mikołajek pierwotnie znajdowała się staropruska osada.
Pierwsza wzmianka o miejscowości pochodzi z roku 1444. W Mikołajkach w połowie XV w. przy moście były dwie karczmy. Przywileje dla karczmarzy zostały odnowione w 1516 r. Byli oni zobowiązani do transportu krzyżackich szat i żywności (każdy wozem dwukonnym) do Rynu i z powrotem. Krzyżacy w Mikołajkach posiadali monopol na połów ryb, które eksportowali. Posiadali oni także wpływy z myta od każdego korzystającego z mostu, znajdującego się na przesmyku między jeziorami.
Kościół w Mikołajkach przed reformacją nie był ujęty w wykazie parafii i kościołów filialnych w archiprezbiteratach warmińskich. Kościół w Mikołajkach najprawdopodobniej obsługiwał krzyżacki kapelan z Rynu. Po sekularyzacji zakonu krzyżackiego w roku, większość mazurskich parafii protestanckich otrzymała pastorów mówiących po polsku. Do Mikołajek w roku 1552 przybył z Polski pastor Jakub Wilamowski. W roku 1798 w Mikołajkach prowadzili misje księża z parafii w Świętej Lipce.
Mikołajki prawa miejskie otrzymały w 1726 od króla pruskiego Fryderyka Wilhelma I. Na miasteczko złożyły się trzy jednostki osadnicze: Rynek, Kniec i Kozłowo. To ostatnie leży po drugiej stronie jeziora w stosunku do centrum Mikołajek. Od 1843 r. uruchomiona została stała żegluga na Mazurach powodująca ożywienie miasta. W 1911 r. Mikołajki uzyskały połączenie kolejowe z Mrągowem i Orzyszem. Od 1920 r. miasto stało się popularną miejscowością turystyczną.
W części Mikołajek po zachodniej stronie Jeziora Mikołajskiego w czasie II wojny światowej znajdowała się placówka Abwehery o kryptonimie Walli II. Placówka ta od roku 1940 zbierała informacje na temat ZSRR, a z chwilą przeniesienia kwatery głównej Hitlera do lasu koło Kętrzyna przekazywała je bezpośrednio do Wilczego Szańca. Przed sierpniowymi nalotami dywanowymi w 1944 r. na Królewiec, ze stolicy prowincji do Mikołajek ewakuowano archiwa samorządowe.
W 1945 miasto zostało włączone do Polski.
SKRZYNKA NA WSPÓŁRZĘDNYCH