Chalcedonit jest naturalną, osadową skałą krzemionkową (do 9%), w przeważającej mierze składa się z SiO2 oraz niewielkich ilości tlenków wapnia, magnezu, glinu, żelaza, manganu. Jego porowatość dochodzi do 30 %.
Jaskinia o (zinwentaryzowanej) długości 10m i głębokości 2,5m. Otwory jaskini zlokalizowane są 3-4 m poniżej grzbietu Góry Brodowej, na jej wschodnim zboczu. Jaskinia jest formą krasową stanowiącą fragment większego systemu pustek podziemnych (łączącego obie Jaskinie Chalcedonitowe). Otwór 2 jaskini leży w odległości 6 m od otworu Jaskini Chalcedonitowej I. Oba otwory jaskiń są naturalne. Faunę jaskini reprezentują pająki, muchówki, błonkówki oraz ślimaki szklarkowate. Eksploracja możliwa jest po uzyskaniu zezwolenia Regionalnego Konserwatora Przyrody w Kielcach.