Pierwsza fundacja dla franciszkanów w Opolu miała powstać przed najazdem tatarskim około 1236 roku. Druga fundacja pochodzi z 1248 roku dzięki księciu opolskiemu Władysławowi I.

Budowa gotyckiej świątyni i klasztoru miała trwać jeszcze w XIV wieku. Podziemia kościoła stały się miejscem pochówku rodziny książęcej (Piastowie Śląscy). W samym kościele jest też kaplica Piastowska.

W Opolu przy klasztorze św. Barbary od 1473 r.przebywali franciszkanie obserwanci. Na ich rzecz franciszkanie konwentualni zmuszeni byli do oddania obecnego klasztoru. Jednak w okresie kontrreformacji franciszkanie konwentualni odzyskali klasztor. W 1556 r.protestanci zmusili zakonników do opuszczenia miasta, a kościół został ograbiony i zdewastowany. Ponownej dewastacji i kradzieży dokonano w czasie wojny trzydziestoletniej.

Klasztor opolski miał silne kontakty z Polską, zwłaszcza z Krakowem. Jego zasługą jest podtrzymywanie nie tylko katolickości, ale i polskości. Tutaj w 1655 roku przebywał król Jan Kazimierz w czasie potopu szwedzkiego i ogłosił odezwę do narodu polskiego.

Od 1712 roku kontakty klasztoru opolskiego z prowincją polską zaczęły się rozluźniać. W 1725 roku konwent został przyłączony do prowincji czeskiej.

W 1810 roku rząd pruski skasował klasztory na Śląsku. Przez kilka lat klasztor stał pusty. W latach 1813–1814 mieścił się w nim szpital armii rosyjskiej. Później cały kompleks został przekazany parafii protestanckiej. W świątyni zrobiono wtedy wiele przeróbek.

Podczas II wojny światowej klasztor został spalony, a kościół poważnie uszkodzony. W takim stanie władze państwowe 6.07.1945 roku przekazały kościół i klasztor naszej prowincji. Do 1948 roku klasztor podniesiono z ruin.

W latach 1951–1954 odremontowano wnętrze kościoła, przywracając w głównym zarysie wygląd pierwotny (sprzed okresu protestanckiego). W latach 1967–1972 przeprowadzono zewnętrzną regotyzację prezbiterium.

Od 1950 do 1970 roku w klasztorze mieściło się studium filozoficzne prowincji.

W latach 1980–1996 w klasztorze przebywali bracia po nowicjacie, przygotowujący się do matury.

W ostatnich latach kościół klasztorny został poddany gruntownej rewaloryzacji.

W klasztorze znajdują się podziemia które można zwiedzać, po wcześniejszym zgłoszeniu na furcie klasztornej.

W podziemiach znajdujących się pod prezbiterium kościoła spoczywają książęta opolscy m.in. Władysław II Opolczyk FUNDATOR Sanktuarium Jasnogórskiego i księżna Elżbieta wnuczka króla Władysława Łokietka, a także znajduje się tam najstarszy zachowany na ziemiach śląskich wczesnogotycki kolorowy fresk z 1320 roku przedstawiający Kalwarię męki Pana Jezusa wraz z jego Matką i św. Janem.

Kesza szukaj na kordach.