Kaplica została zbudowana w drugiej połowie XV wieku razem ze szpitalem św. Gertrudy.
Od początku XX wieku do 1945 roku pełniła funkcje kaplicy przedpogrzebowej.
W 1933 r. w kaplicy wystawiono trumny ze szczątkami dwóch litewskich pilotów, uczestników przelotu Nowy Jork – Kowno, którzy zginęli w katastrofie samolotowej pod Pszczelnikiem. Wydarzenia te upamiętnia współczesny pomnik znajdujący się przed kaplicą.
Po II wojnie światowej wyposażenie kaplicy zostało zrabowane. Od 1969 roku pełniła funkcje wystawiennicze, a od 1977 roku jest siedzibą pracowni plastycznej, obecnie jest to Ośrodek Edukacji Plastycznej.