Fundamenty budowli Więziennej pochodzą z początku XIV wieku. Pierwszy etap budowy jest dziełem budowniczego miejskiego, Henryka Ungeradina. Kolejne nadbudowy pochodzą z lat 1379–1382 i 1416–1418.
Gdy w roku 1604 wieża straciła swoje znaczenie jako element fortyfikacji Gdańska, przeznaczono ją wraz z Katownią na więzienie.
Na wschodniej elewacji Wieży Więziennej umieszczono pręgierz, miejsce wielu egzekucji.