We wnętrzu Kościoła p.w. Narodzenia NMP wyjątkową perełką jest zabytek techniki - kościelne organy. Posiadają 30 głosów, dwa manuały i pedał. Zbudowane zostały w XIX w. w znanym na świecie warsztacie jednego z najsławniejszych, rodowitych szczecinian Barnima Grüneberga.
Organy są jednym z cenniejszych zabytków tego typu na Pomorzu. Dzięki wspaniałej akustyce, w gryfińskim kościele odbywają się koncerty chóralne oraz cykliczne Gryfińskie Koncerty Organowe, na których goszczą znani wykonawcy muzyki dawnej. Organy piszczałkowe, to największy z instrumentów muzycznych, lecz zasługują na miano króla instrumentów nie tylko z powodu rozmiarów. Równie wielkie wrażenie robią różnorodność kształtu, ornamenty, skomplikowana budowa oraz ich możliwości brzmieniowe.
Skrzynka nie jest ukryta w kościele, ale w jego pobliżu.