Europejskie Centrum Muzyki utworzone zostało 1 października 2005 przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Stowarzyszenie Akademia im. Krzysztofa Pendereckiego - Międzynarodowe Centrum Muzyki, Baletu i Sportu. 31 sierpnia 2009 zawarto porozumienie o współprowadzeniu i współfinansowaniu budowy przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Stowarzyszenie oraz Województwo Małopolskie. Projekt współfinansowany był ze środków unijnych.
Centrum tworzy sala koncertowa na 650 osób, biblioteka, pomieszczenia dydaktyczne (jak sale ćwiczeń), pracownie instrumentalne, sala kameralna oraz sala konferencyjna. Budowa realizowana była w latach 2010–2012 przez przedsiębiorstwo Skanska SA. Otwarcie Europejskiego Centrum Muzyki nastąpiło 21 maja 2013