Po zakończeniu II wojny światowej kolejka nadal funkcjonowała jako Jarocińska Kolej Powiatowa. Nowe władze powiatu usunęły dotychczasowego dyrektora inż. Aleksandra Wohlfeila nie uznając jego zasług w ratowaniu Polaków podczas okupacji. Po wielu szykanach, rozprawach sądowych i przesłuchaniach wyjechał z kraju. Nowym dyrektorem Kolejki został Aleksander Oleśnicki, który przybył z Warszawy a pochodził z Odessy.
Od marca 1945 roku zaczął obowiązywać nowy rozkład jazdy. Na trasie z Witaszyc do Komorza kursowała we wtorki i piątki jedna para pociągów. Natomiast od 30 kwietnia 1945 roku poza w/w pociągami pojawiła się jeszcze jedna para pociągów na trasie do Trąbczyna. Kursowała ona w poniedziałki, środy i soboty. Już w kolejnym roku tj. 1946 na trasie do Trąbczyna kursowała codziennie jedna para pociągów osobowo-towarowych, a do Komorza jak dotychczas jedna para we wtorki i piątki.