Kościół p.w. św. Franciszka z Asyżu w Brodnicy - nazywany przez brodniczan klasztorkiem - przez wiele lat służył zakonnikom zanim został kościołem parafialnym.
Świątynię poświęcono 1 sierpnia 1762 r. Służyła zakonnikom, ale na nabożeństwa uczęszczali także pracownicy i mieszkańcy pobliskiej domeny państwowej Brodnica-Zamek. W 1831 r. po likwidacji klasztoru, jeden z żołnierzy pruskich sprofanował świątynię wjeżdżając do niej na koniu.
3 sierpnia 1831 r. proboszcz brodnicki ks. kanonik Mateusz Osmański dokonał rekoncyliacji świątyni pod nowym, aktualnym do czasów współczesnych wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP. Odtąd pełnił on rolę kaplicy pogrzebowej, a przez pewien czas także więziennej. W okresie międzywojennym był kościołem garnizonowym dla stacjonującego w Brodnicy 67 Pułku Piechoty. W latach 1939-1947 był znów traktowany jako kaplica pogrzebowa. 2 listopada 1947 r. świątynię przejęli ojcowie franciszkanie.
Od 1978 r., od erygowania parafii, stał się już kościołem parafialnym. Dekretem prowincjała świątynia od 13 czerwca 1996 r. uzyskała rangę Sanktuarium św. Antoniego, patrona miasta.
Barokowy kościół nie ma wieży, jedynie nad prezbiterium znajduje się ośmioboczna wieżyczka na sygnaturkę.
W kościele znajduje się barokowy ołtarz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, namalowany w połowie XVII w., barokowe XVIII-wieczne drzewo genealogiczne św. Franciszka, epitafium donatorów kościoła starosty Józefa Pląskowskiego i jego żony Rozalii fundowane przez ich syna ks. Andrzeja Pląskowskiego w 1791 r.
Parafia w Brodnicy należy do diecezji toruńskiej.
Kesz mały, ale łatwo dostępny pod nieobecność ludzi. Zalecam szukanie po godz 20:00.