Wnętrze kościoła bardzo bogato wymalowane, warto wejśc do środka. 

Wzorcem dla jutrosińskiego kościoła jest katedra Najświętszej Panny Marii i Św. Stefana w Spirze (budowana w latach 1030 – 1061 i 1080 – 1106), a zaprojektował ją Tomasz Pajzderski z Charlottenburga. Koszty budowy obliczono szacunkowo na 120 tys. marek. Na wykonawcę prac wybrano  Nikodema Pospieszalskiego ze Środy.

Kościół jutrosiński posiada klarowną strukturę: nawę główną, transept, prezbiterium z absydą, arkady oddzielające poszczególne części nawy. Wybudowany jest w stylu bazyliki romańskiej. Liczy 44 metry długości i 22 metry szerokości, powierzchnia wynosi 793, 35 m2. Posiada trzy nawy oraz obszerne prezbiterium, pod którym znajduje się grobowiec książąt Czartoryskich, kolatorów kościoła, którzy ponieśli 1/3 część kosztów budowy. Nad całością dominuje wysoka wieża – dzwonnica (47 m.) nadająca świątyni surowy, majestatyczny charakter. Od strony wschodniej, po bokach wielkiego ołtarza, wznoszą się dwie mniejsze wieże (30 m.)

Do najcenniejszych zabytków zalicza się witraże wykonane wg projektu Józefa Mehoffera znajdujące się w absydzie. Cud Św. Elżbiety przedstawia świętą w chwili ofiarowania żebrakowi jałmużny. W tle pojawia się motyw wieży, przypominającej krakowską Basztę Pasamoników zachowaną u wylotu ul. Szpitalnej.
Nawiązanie do architektury Krakowa znajdujemy również w witrażu Kościół. Ośrodek kompozycji stanowi budowla sakralna, symbolizująca Kościół Boży. Kościół ukazany został na tle nieba – adorowany przez parę klęczących pacholąt i parę aniołów. Wieża, dominująca w architekturze symbolicznej budowli, nawiązuje do wieży Kościoła Mariackiego w Krakowie.
Trzeci ze słynnych witraży Mehoffera w świątyni nosi tytuł Agnus Dei, Baranek Boży i wyobraża adorację Baranka Bożego w niebie. Kompozycja ta nawiązuje do apokaliptycznej Wizji Baranka i Zbawienia.

Pierwotnie w planach kolatora leżało zlecenie prac nad malowidłami profesorowi Akademii Krakowskiej Leonowi Wyczółkowskiemu (1852 – 1936). Ostatecznie zaprojektowanie polichromii   powierzono artyście również pochodzącemu z Krakowa, Antoniemu Procajłowiczowi.
Polichromie wewnątrz kościoła, podporządkowane dyktatowi architektury, zdobią ściany, łuki arkad, gzymsy i sklepienia, oplatają trzony kolumn. Wiele z występujących tu motywów i wzorów zaczerpniętych zostało z malarstwa bizantyjskiego. Najbliższe polichromii jutrosińskiej są mozaiki kościoła S. Vitae w Rawennie, pochodzące z połowy VI w. Znaczącą rolę w malarskim wystroju świątyni odgrywają przedstawienia figuralne.

W kopule absydy ukazany został Chrystus tronujący – Salvator Mundi -  w asyście dwóch aniołów na tle gwiaździstego nieboskłonu. Poniżej strefy okiennej absydy umieszczono fryz przedstawiający adorację Najświętszego Sakramentu przez aniołów, na wewnętrznej stronie łuku tęczowego widnieją popiersia apostołów w tondach, natomiast od strony nawy głównej widoczne są cztery orantki; wokół postaci usytuowanych niżej zamieszczone są fragmenty psalmu pokutnego. Każdą wolną przestrzeń na ścianach zakrywa bogata ornamentyka, abstrakcyjna, geometryczna, secesyjnie stylizowana, tworząca swoiste horror vacui.

Do najpiękniejszych fragmentów dekoracji malarskiej kościoła należą dwie sceny zamieszczone w ścianach nawy poprzecznej. W części północnej transeptu jest to Zwiastowanie, zaś w części południowej – Ukazanie się Matki Boskiej św. Franciszkowi.  Przeprowadzona niedawno renowacja malowideł w północnym skrzydle transeptu, odkryła pierwotne piękno kolorystyki secesyjnej sceny Zwiastowania, jak również pozostałych ornamentów geometrycznych i roślinnych. W południowej części transeptu widnieje natomiast obraz Juliana Fałata z ok. 1902 r.  Św. Izydor Oracz. Ponadto nad stallami znajduje się obraz Procajłowicza Cud św. Elżbiety.

Sklepienie loży kolatorskiej przypomina baldachim pokryty drobną siatką z rozetą i liśćmi w środku. Na bocznych ścianach kaplicy znalazły się herby rodów spokrewnionych z Czartoryskimi: Grzymała, Jelita, Leszczyc, Łodzia, Ogończyk, Pilawa, Prawdzic, Sas, Szreniawa, Trąby.
Próba nieco bliższego przybliżenia fryzu figuralnego w kościele z kilku przyczyn jest zadaniem trudnym. Wbrew zakorzenionej opinii, która pojawiła się tuż po ukończeniu prac malarskich i trwa do dziś – fryz nie przedstawia wyłącznie świętych i błogosławionych polskich, ściślej będzie powiedzieć: oprócz świętych i błogosławionych polskich, są tam również inni, z Polską związani lub w naszym kraju cieszący się szczególnym kultem wśród wiernych. Procajłowicz wykonał 32 postacie świętych, w okresie powojennym dodano jeszcze dwie w części chóralnej – Jana XXIII i Maksymiliana Marię Kolbe.