Z powodu bezpośredniej bliskości granicy państwowej aby uniknąć nie potrzebnej kontroli, najlepiej, jeśli przed wyprawą tutaj powiadomisz placówkę Straży Granicznej w Barcianach.
Używane nazwy wsi: Moltheim, Molteinen Molthenen.
Ruiny strażnicy krzyżackiej w Mołtajnach.
Wieś lokowana między 1374, a 1379 r. należała do zakonu krzyżackiego, wskazuje na to istniejąca tu strażnica krzyżacka leżąca na terenie komturii królewieckiej. W 1384 roku na zamku gościł marszałek Zakonu - Konrad von Wallenrod. Zamek krzyżacki w Mołtajnach zniknął jeszcze w średniowieczu, być może w czasie wojny trzynastoletniej. Mołtajny przeszły w posiadanie rodu von Schlieben w roku 1469. Mołtajny w rękach Schliebenów były do XVII w., a w wieku XVIII były w posiadaniu rodu Egloffsteinów.
Jedna z dwóch zachowanych piwnic strażnicy krzyżackiej w Mołtajnach. Powierzchnia tej piwnicy - ok.100 m2 wys.3-4 m.
Przed II wojną światową przez wieś biegła wąskotorówka (Rastenburger Kleinbahn) z Kętrzyna do Gierdawy (Żeleznodorożnyj). Linia została otwarta w 1917. Przed 1939 rokiem wąskotorówka została zamknięta z powodu nieopłacalności lecz wojna uchroniła sieć kolejową, która i tak była głównie wykorzystywana przez właścicieli okolicznych majątków do przewozu płodów rolnych, głównie buraków cukrowych do Kętrzyna. W 1945 r. Rosjanie tory rozebrali i wywieźli.
Kętrzyńska Kolej Dojazdowa
W czasie II wojny światowej w Mołtajnach zatrudnieni byli przy pracach polowych jeńcy wojenni z kampanii wrześniowej. Jeńców na noc zamykano w baraku nad Jeziorem Arklickim.
W latach siedemdziesiątych XX w. w Mołtajnach wybudowano agroosiedle (blokowisko) z domem kultury i kotłownią CO w celu zapewnienia mieszkań dla pobliskiego PGR-u. Budynki znajdują się w administracji Spółdzielni Mieszkaniowej "Mołtajny", która jest także administratorem budynków w Wopławkach.
Mołtajny są sołectwem do którego obok Mołtajn należą: Arklity, Błędowo, Górki i Markuzy. W latach 1973 – 1977 sołectwo Mołtajny należało do gminy Skandawa.
Parafia św. Anny w Mołtajnach należy do Dekanatu Kętrzyn II.
Pierwsza wzmianka o kościele w Mołtajnach pochodzi z roku 1384. Proboszczem Mołtajn w roku 1486 był Baltazar Löszenstein. W tym czasie parafia posiadała cztery włóki ziemi. Przed reformacją parafia w Mołtajnach należała do archiprezbiteratu sępopolskiego. Odbywały się tu pielgrzymki do św. Anny. Do roku 1730 w dzwonnicy przechowywany był jej obraz.
Gotycki kościół, został wybudowany pod koniec XV w. wyróżnia się wschodni szczyt korpusu. Sklepienia świątyni pozorne, w kruchcie zachowało się pierwotne sklepienie gwiaździste. Wieża została podwyższona na początku XVI w., ozdobiona blendami, zwieńczona szczytem schodkowym ze sterczynami i nakryta dwuspadowym dachem. Przez całe stulecia o wyglądzie i wyposażeniu świątyni decydowały przede wszystkim fundacje pochodzące z rąk dziedziców pobliskich Arklit. W XVI i XVII wieku patronat nad kościołem sprawowała rodzina von Schliebenów. Z tego okresu pochodzi renesansowa płyta nagrobna w posadzce z herbem Schliebenów i datą († 1561), chorągiewka na wieży kościoła z inicjałami G.v.S. i datą 1650 oraz oryginalny żyrandol mosiężny wykonany w latach 1686-1700.
1890-1898 r.
W wieku XVIII majątek, a także patronat nad kościołem przejęła rodzina Egloffstein. W 1782 roku jej przedstawiciele ufundowali do kościoła ołtarz główny (dawniej kazalnicowy) i organy, które wykonał Christoph Heinrich Obuch z Morąga.
Autorem ołtarza św. Anny, baptysterium i prospektu organowego jest rzeźbiarz warmiński Chrystian Bernard Schmidt z Reszla.
1904-1909 r.
Z fundacji pochodzą też lichtarze z końca XVII wieku i część sprzętu kościelnego, datowanego na XVI-XVIII wiek. Przed 1945 rokiem były tu także stalle z około 1580 roku oraz manierystyczna empora z lat 1601-1615 z obrazami przedstawiającymi sceny ze Starego Testamentu, umieszczonymi w płycinach (w późniejszym okresie zdemontowane). Po 1945 roku kościół został przekształcony na parafię rzymskokatolicką. W latach 80 XX wieku kościół przeszedł remont, między innymi wymiana pokrycia dachu. W 2008 roku parafia uzyskała dofinansowanie Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego na przeprowadzenie prac zabezpieczających i konserwatorskich przy wieży. W trakcie pracy odkryto dekoracje ornamentalne w podłuczach blend i fryzu podokapowego oraz tarcze herbowe na wschodnim szczycie wieży.
Na cmentarzu przykościelnym zachował się barokowy grobowiec (uszkodzony) Albrechta († 1791) i Henrietty Egloffsteinów († 1776) z XVIII w.
Wyspa Arklicka jest świadectwem wyjątkowego przedsięwzięcia hydrotechnicznego polegającego na budowie osiedla na sztucznej wyspie, dookolnego falochronu i mostu łączącego osiedle ze stałym lądem zrealizowanego przez niewielką grupę ludzką.
Wyspa położona w północnej części Jeziora Arklickiego, w pobliżu wsi Mołtajny. Niewielka owalna wyspa o długości 36 metrów, wyniesiona zaledwie 1 metr ponad współczesną powierzchnię tafli jeziornej, porośnięta gęstymi zaroślami i kilkoma potężnymi topolami, stanowi wyraźną dominantę w otaczającym krajobrazie. Wyspę od wschodniego brzegu jeziora dzieli ok. 55 m Obecnie obiekt w żaden sposób nie przypomina sztucznego tworu osadniczego i nie różni się niczym od naturalnych wysp występujących w obrębie jeziornych akwenów.
Osiedle nawodne w Mołtajnach zasiedlane było wielokrotnie w różnych okresach, w szerokich ramach czasowych 400 - 100 p.n.e. Osada znana w literaturze archeologicznej już od drugiej połowy XIX w. Odkryta została w 1875 r. przez właściciela okolicznych dóbr ziemskich, podczas dokonywania nasadzeń na wyspie Jeziora Arklickiego.
Pierwsze prace wykopaliskowe na osiedlu zostały przeprowadzone przez J. Heydecka w 1895 r., a kolejne przez W. Gaerte w 1923 r. Po wojnie, w latach 1986-1991, z ramienia Instytutu Archeologii i Etnografii UMK w Toruniu przeprowadzone zostały badania archeologiczne na wyspie oraz podwodne penetracje w jej bezpośrednim sąsiedztwie. Badania te pozwoliły nie tylko na zapoznanie się z konstrukcją platformy osadniczej zbudowanej na jeziorze Arklickim, ale również umożliwiły zrekonstruowanie przebiegu mostu łączącego wyspę ze stałym lądem, a także palisady - falochronu otaczającego osiedle. W trakcie badań przeprowadzony na wyspie i pod wodą natrafiono na liczne zabytki ruchome, z których najciekawszy stanowi skarb brązowy składający się z 7 naramienników oraz 3 szpil. Prócz tego natrafiono na liczne fragmenty naczyń, narzędzi zarówno metalowych jak i kamiennych oraz kości zwierząt.
Zabytki pozyskane w trakcie badań wykopaliskowych znajdują się obecnie w Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie. Samo stanowisko, z racji swojego położenia jest niedostępne, ale doskonale widoczne z północnego brzegu jeziora - od strony wsi Mołtajny.