Pierwszy budynek dworca w Toruniu został zbudowany w 1861 roku z muru pruskiego. W tym samym roku poprowadzono do Torunia sieć kolejową od strony Bydgoszczy.
W 1874 roku, w miejsce poprzedniego budynku dworca, zbudowano nowy, który stoi do dzisiaj. Podczas II wojny światowej budynki stacyjne uległy spaleniu. Ostatnia modernizacja dworca Toruń Główny miała miejsce w latach 60. XX wieku.
Na początku 2013 roku urząd miasta Torunia rozpisał przetarg na zaprojektowanie i remont dworca.
Uroczyste otwarcie wyremontowanego i przebudowanego dworca nastąpiło 12 listopada 2015 roku.
Obiekt wpisany jest do gminnej ewidencji zabytków.