Knyszyn to jedna z kilku niewielkich stacji pośrednich, położonych na odcinku Białystok - Ełk. Znajduje się dość daleko (3,5 km) od centrum miejscowości, na terenie wsi Ruda. Posiada 3 tory główne oraz dwa tory boczne, z których jeden przebiega przy magazynie oraz placu ładunkowym, natomiast drugi jest zelektryfikowany i pełni funkcje postojowe. Wszystkie tory główne znajdują się przy peronach - jednokrawędziowym przy budynku dworca oraz dwukrawędziowym wyspowym. Dojście do peronu 2 istnieje w poziomie szyn i znajduje się w połowie peronu 1. Ruch pociągów prowadzony jest przez nastawnie "Kn" oraz "Kn1", które posiadają urządzenia mechaniczne (dysponująca - scentralizowane, wykonawcza - kluczowe) z sygnalizacją kształtową; jedynie wszystkie tarcze ostrzegawcze są świetlne. Od strony Ełku znajduje się niestrzeżony przejazd kolejowy. Do dziś w terenie zobaczyć można ślady po drugim torze, jaki niegdyś funkcjonował na przyległych szlakach. Świadczy o tym m.in. charakterystyczne położenie sygnalizatorów od strony Ełku, oraz szerokie ławy torowiska.