Młynary zostały lokowane przez Krzyżaków ok. 1327 r. jako centrum dla okolicznych wsi na obszarze Pogezanii. Ich założycielem był krzyżacki komtur elbląski Hermann von Öttingen. Przywilej miejski odnowiono w 1338 i 1404 roku. W 1440 r. Młynary przystąpiły do Związku Pruskiego. Po sekularyzacji Prus w 1525 r. weszły w skład Prus Książęcych. Nigdy nie odgrywały roli dużego ośrodka, a ludność kilkakrotnie trzebiły epidemie.
Bywali tu Prusowie, Rosjanie, odpoczywały wojska napoleońskie. Po 1945 małe zniszczone miasteczko aż do dnia dzisiejszego Młynary zachowały charakter małego miasteczka, ze średniowiecznym układem ulic oraz zabytkowymi kościołami.