Kłodnica ma charakter rzeki podgórskiej o dużej różnicy spadku i znacznej zmienności przepływu. Źródła rzeki znajdują się w południowych dzielnicach Katowic w zespole przyrodniczo-krajobrazowym Źródła Kłodnicy. Przepływa przez Górnośląski Okręg Przemysłowy i Kotlinę Raciborską, po czym uchodzi do Odry w Kędzierzynie-Koźlu w dzielnicy Koźle. Z powodu dużych zanieczyszczeń w górnym biegu Kłodnicy woda jest ciemna, zamulona i zanieczyszczona. W dolnym biegu rzeka nieco się oczyszcza.