Pierwsi franciszkanie przybyli do Chełmna prawdopodobnie ok. 1255 roku; w 1258 r. wzmiankowano już istnienie klasztoru.
Kościół franciszkanów został wzniesiony w stylu gotyckim, z cegły. Pod koniec XIII w. rozpoczęto budowę, którą kontynuowano w XIV w. Ukończono go m.in dzięki znacznym zapisom darowizny mieszczki chełmińskiej Adelajdy Ullmann na rzecz tego konwentu.
Obecne prezbiterium zbudowano po 1326 r., jest prostokątne, trójprzęsłowe, ma sklepienie krzyżowo-żebrowe.
Od południa przylega do kościoła smukła wieża, do wysokości korony murów kościoła czworoboczna, wyżej ośmioboczna.
W 1739 r. wykonano malowidła ścienne, a w 1751 r. dobudowano nie zachowaną dzisiaj kaplicę.
Od strony północnej do prezbiterium i nawy przylegał zespół zabudowań klasztornych, po kasacie zakonu został całkowicie zburzony.
Najcenniejszym elementem architektonicznym świątyni są gotyckie zworniki znajdujące się na sklepieniu.
Na uwagę zasługuje neogotycki witraż umieszczony we wschodnim oknie prezbiterium, fundowany w 1867 r. przez Wojciecha Łożyńskiego, dyrektora miejscowego gimnazjum.
Obecnie jest to kościół rektoralny i służy młodzieży szkolnej.