Muzeum historyczne powstało 10 listopada 2001 r. kiedy utworzone zostały Zbiory Historyczne Miasta Legionowo będące komórką Wydziału Kultury i Promocji Urzędu Miasta Legionowo. Miejscem stałej ekspozycji poświęconej dziejom Legionowa od samego początku były pomieszczenia w zabytkowej willi przy ul. Mickiewicza 23. W dniu 28 czerwca 2006 r. Rada Miasta Legionowo utworzyła Muzeum Historyczne w Legionowie jako odrębną samorządową instytucję kultury.
We wrześniu 2012 r. po zakończeniu remontu głównego budynku Muzeum, nastąpiło w nim otwarcie wystawy stałej, poświęconej Alinie i Czesławowi Centkiewiczom. Większość osób zna ich jako autorów Zaczarowanej zagrody - lektury szkolnej której bohaterami są pingwiny i pracownicy stacji na kole podbiegunowym. Sami Centkiewiczowie długie lata zawodowe spędzili właśnie w Legionowie - ich praca była związana z meteorologią.
W Muzeum jest też pracownia naukowa - czytelnia z księgozbiorem dotyczącym Legionowa.
Więcej informacji można znaleźć na stronie muzeum: http://muzeum.legionowo.pl/