Budowę rozpoczęto w 1978 roku jako Szpital Pomnik - filii CZD(uchwała z 29. 03.1980 ),ale na dobre ruszyła w 1982 r.Utworzony został 11.02.1989 r., dokładnie w 3 miesiące później otrzymując uchwałą WRN  imię Jana Pawła II ( od 19696 tablica). W 1989 powstała Fundacja Szpitala z Janem Zamoyskim  na czele . Zajmuje obszar 18,5 ha, przy Al. Jana Pawła II, przedtem ul. Legionów. Najwyższa część posiada 8 kondygnacji zewnętrznych oraz dwie podziemne.Na rzecz  szpitala z inicjatywy ks. M.Cisły (ob. bp)powstała polsko - włoska fundacja.  W 1991 - 98 Włosi , w ramach programu AISPO ( Stow. dla  Solidarności między Narodami), za pośrednictwem fundacji Monte Tabor  przy szpitalu św. Rafała w Mediolanie wyposażali szpital w najnowocześniejszą aparaturę medyczną(1/3 darem Włochów, kształcili kadry dla szpitala(łączna pomoc 7 mln $- 1/4 wartości)i utrzymywali tu cały czas swoja placówkę.9.09.1993 otwarto pierwsze 4 poradnie. Jako pierwszy zaczął funkcjonować oddział kardiologiczny,następny neurologiczny, wewnętrzny z nefrologią, , wewnętrzny z onkologią, urologią,i laryngologią, okulistyczny, chirurgia, położniczo -ginekologiczny, neonatologiczny. W 1998 otwarto Wojewódzka Przychodnię Kardiologiczną. W 1996 otwarto stacje dializ("sztuczna nerka" - 4 stanowiska, do tej pory mala w starym szpitalu). Blok operacyjny: 6 sal operacyjnych , 2 endoskopowe i sala do wybudzeń z 7 łóżkami.12.03.1999 szpital został uroczyście otwarty z udziałem ministra zdrowia z Włoch Rosy Bindi, a 3 m-ce potem poświęcony i pobłogosławiony ( z samochodu) przez papieża Jana Pawła II.Następnego dnia zasadzono pamiątkowy jesion.   W 1999 na izbę przyjęć trafiło ponad 40 tys. pacjentów.W 2000 zatrudniał 1200 osób ( w tym 150 lekarzy i 600 personelu med.)  Oddziały : 2000 -12,2004 - 14,2008 - 17,łóżka 2000 - 487,2004 - 550, 2010 - 654. Wojewódzka Przychodnia Specjalistyczna- 33 poradnie Wojewódzka Przychodnia Kardiologiczna9 poradni(2008 -35,5 tys.pacjentów). Do 2004 w ciągu 10 lat przeprowadzono 40 tys.operacji, udzielono ok. 1 mln porad. Do 2005 hospitalizowano 153 tys. osób. Od 2007 w szpitalu jest tomograf wartości 4 mln. zł, 5 -ty w kraju, a jedyny w nieakademickim mieście. Z końcem 2007 szpital zatrudniał 40 lekarzy z II st. specjalizacji, w toku zdobywania II stopnia - 114, 2009 na stanowiskach medycznych 1181, niemedycznych 284.  Szpital posiada II stopień preferencyjny . W 2001 znalazł się w gronie 47 placówek  medycznych w Polsce posiadających certyfikat jakości( w 2007po raz trzeci, tylko 61 szpitali na 900), 20.09.2006 szpital otrzymał Certyfikat Zarządzania Jakością ISO 9001:2000, a od 2008 certyfikat Szpitala Przyjazny Dziecku( w gronie 76 szpitali). w 2005 -2007 nie przynosi strat. W najbardziej prestiżowym rankingu"Rzeczypospolitej" wśród najlepszych szpitali - placówek publicznych gwarantujących opiekę na najwyższym poziomie: 2002 - XXXIV m., 2003 -IV,2004 -IV,2005 -XXI, 2006 - IV, 2007 - II,2008 - III, 2009 - VIII, 2010 - VI, 2011 - I miejsce.W rankingu"Newsweeka" za 2002 - najlepszy szpital w Polsce. Ponadto wysoko oceniano oddziały : laryngologię(najwyższe w 2004 -VII m.),kardiologię(2004- IX),neurologię (2003 - X), chirurgię ( 2002 - XII), rehabilitacje (2005 -2005 - XIV) i okulistykę (2003 - XX). Dyrektorzy: 1989 - 92 ,Maria Czesek - Dudek, 1992 Zbigniew Dalecki, 1994- 97 Marian Gałka, 1997 --98 Waldemar Dzik, od 1998 Andrzej Mielcarek. W 2004 ufundowano sztandar( na nim słowa papieża Świadczyć dobro cierpiącemu). Andrzej Kędziora. Encyklopedia Miasta Zamościa. str 878 i 879.

W 2017 roku, Szpital papieski w Zamościu znalazł się w ścisłej czołówce ogólnopolskiego rankingu szpitali "Bezpieczny szpital przyszłości". Szpital zajął siódme miejsce wśród 100 najlepszych zabiegowych, wielospecjalistycznych  i onkologicznych w kraju, drugie w zestawieniu szpitali  w województwie lubelskimi trzecie w kategorii sieć szpitali poziom III.

Skrzyneczka - pojemnik laboratoryjny - po lewej stronie szpitala w rejonie kuchni obok ujęć wody. Poza zasięgiem kamer.

Do skrzyneczki można podjechać pojazdem.

Powodzenia.