Historia kościoła oraz klasztoru sięga roku 1936, w którym to właśnie powstał tu klasztor.
Budynek powstał w maju 1938, w uroczystościach poświęcenia obiektu wziął udział ówczesny gwardian Niepokalanowa , święty Maksymilian Kolbe .
Po wojnie rozproszeni franciszkanie powrócili do Gdyni, klasztor zaczął ponownie funkcjonować. W 1949 erygowano parafię pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy, a w 1957 poświęcono kamień węgielny pod obecny kościół i pomimo przeszkód ze strony komunistycznych władz, rozpoczęto jego budowę.
W grudniu 1960 poświęcono i oddano do użytku górny kościół a w 1970 – dolny. Podczas wydarzeń grudnowych to właśnie tutaj schronili się gdyńscy robotnicy.
Parafia św. Antoniego Padewskiego w Gdyni organizuje wiele akcji religinych, charytatywnych i kulturalnych.
Koordynaty wskazują na skrzynkę. Należy podejść od zachodniej strony klasztoru.
W skrzynce rozpoczyna swą podróż geokret "Franek"
UWAGA! Ze względu na miejsce, w którym ukryta jest skrzynka, a koło którego przemieszcza się codziennie duża liczba parafian (zwłaszcza po mszach) proszę zachować szczególną dyskrecję podczas jej odkładania.
A najlepiej wybrać się do kesza nocą. Otrzymujemy pięknie oświetlony kościół i brak przechodniów.