Predyspozycje Kopernika do zajęcia się medycyną zauważone zostały już w 1501 r., gdy kapituła warmińska udzieliła Mikołajowi zgody na urlop przeznaczony na odbycie studiów medycznych. Kopernik powrócił wówczas do Włoch, gdzie studiował wcześniej prawo kanoniczne i zapisał się na uniwersytet w Padwie.

Kopernik nie uwieńczył studiów medycznych stopniem naukowym, uzyskana wiedza i umiejętności wystarczyły jednak, by w przyszłości uznawany był za bardzo dobrego lekarza, tym bardziej, że ówczesna medycyna przenikała się miejscami z astronomią i astrologią.

Był niewątpliwie jednym z najbardziej znanych lekarzy-praktyków działających w jego czasach w Prusach Królewskich. Pozostawał też w kontakcie z innymi szanowanymi medykami – w trudnych przypadkach konsultował się z doktorem Wawrzyńcem Wilde z Królewca lub z Benedyktem Solfą, nadwornym lekarzem polskiego króla, Zygmunta Starego.

 Z zachowanej korespondencji wynika, że Kopernik leczył najznamienitsze postacie swego otoczenia – z jego usług i porad korzystali m.in. wszyscy współcześni mu biskupi warmińscy i kanonicy fromborscy cierpiący na malarię.

Kopernik pomagał również krewnym kanoników, a być może doglądał również chorych w szpitalu św. Ducha we Fromborku. Według XVII-wiecznej opinii Szymona Starowolskiego, pochodzący z Torunia kanonik miał leczyć także ubogich i to nieodpłatnie.

Nie ulega wątpliwości, że Kopernik nie dokonał żadnego przełomu w medycynie. Był w tej dziedzinie dzieckiem swojej epoki, walczył z chorobami za pomocą środków, jakimi dysponowała ówczesna nauka i praktyka medyczna. Pozostawione przez niego recepty wskazują wyraźnie, że w swej działalności lekarskiej używał często stosowanych przez innych lekarzy składników, choć unikał popularnych wówczas środków nie kojarzących się dziś z medycyną, takich jak mocz, żaby, węże, nietoperze czy zwierzęce pazury lub substancje trujące. Był przy tym zwolennikiem leków nie mających zbyt skomplikowanego składu.

Świadectwem pamięci o Koperniku jako lekarzu są liczne portrety przedstawiające go z konwalią – symbolem sztuki lekarskiej.

Recepty pisane ręką Mikołaja Kopernika i ich tłumaczenie:

Recepta 1

Porada przeciwko wydalaniu krwi z moczem i jej krzepnięciu w pęcherzu według Jana Mateusza Wielkiego z Mediolanu

Są środki czyszczące.

Wymioty. Zatem weź sześć drachm świeżego ekstraktu strączyńca, dwie drachmy lipośliwek, wymieszaj i zrób y nich glinkę.

Recepta 2

Wyrównywanie humorów

Weź pół uncji syropu fiołkowego, pół uncji dymnicy pospolitej, po trzy uncje dekotu z nasion malwy, z prawoślazu, łuskanego jęczmienia i miechunki rozdętej, zrób syrop. Tak samo weź syrop różany z dekotem hyzopowym.

Recepta 3

To, co przynosi ulgę nerkom i wątrobie

Weź pół drachmy diarodonu, jedną drachmę kołaczków z nasionami szczawiu, po skrupule nasion malwy i prawoślazu, rozpuszczonego w wodzie piołunowej białego cukru, zrób konfekt.

Recepta 4

Weź pięć uncji letniego mleka owczego, pół uncji palonego cukru, zmieszaj; do picia albo wydalenia lewatywy przeciw nadmiarowi [humorów]. Tak jak żelazna tifera jest ściągana na sposób fenicki.

Recepta 5

To samo na wątrobę

Weź po jednej garści kwiatów rumianku, róży, piołunu i palczatki wełnistej, po jednej drachmie żółtego sandałowca, spodium i spikandra, utłucz i włóż do lnianych woreczków, które będziesz przykładał w chore miejsce.

Recepta 6

Na nerki (nadnercza)

Weź po pół uncji olejku różanego, fiołkowego i piołunowego, mniej niż jeden skrupuł wosku pszczelego i octu, zrób maść.

Recepta 7a

Na krzepnięcie krwi

Weź po jednej garści rumianku, pomurnika i ziela starca zwyczajnego, pół garści kwiatów kopru; wygotuj, nasącz tym gąbkę i zrób z tego kompres na części pęcherza (moczowego).

Recepta 7b

Weź ile trzeba: olejku z gorzkich migdałów, z lilii białej i ze skorpionowego ziela, zrób z tegoż płyn, jeśli nie wchodzi wystarczająco przez cewnik.

Recepta 7c

Na nieznajdowanie północnych kordów: wymieszaj pięć drachm podpuszczki owczej, cztery uncje wody imbirowej, dwie uncje oleju lnianego, garść kwiatów kopru, dwie uncje mleka owczego, siedem drachm świeżego strączyńca i uncja palonego cukru. Powstałą miksturę zagotuj i wypij.

Recepta 7d

Jedna garść kwiatów róży, dziewięć uncji dekotu z nasion malwy, 40 drachm lipośliwek, siedem drachm czerwonego sandałowca, trzy uncje olejku fiołkowego, i dwie uncje startych orzechów na brak znajomości wschodnich współrzędnych.

Recepta 8

Weź jedną drachmę podpuszczki zajęczej i ile trzeba oleju z ziela skorpionowego na maść na kość łonową.

Tak samo jedną drachmę podpuszczki zajęczej i po pół uncji wody rumiankowej i chrzanowej.

Tak samo silnego oleju laurowego.

Tak samo zrób plaster. Weź jedną garść ruty, pół garści kminku, librę wina, dwie uncje olejku laurowego, ugotuj.

Recepta 9

Syrop przydatny przy oddawaniu krwi z moczem

Weź po pół garści babki lancetowatej i jej nasion, nasion portulaka, mirtu, końcówek winorośli, po dwie drachmy lukrecji, anyżu i fenkuła, po pół drachmy nasion maku białego i sałaty. Ugotuj w czterech librach wody do średniego ugotowania. Z jedną librą cukru białego zrób syrop. Dodaj jedną uncję z proszkiem przygotowanym z pół skrupułu ziemi armeńskiej, bursztynu i ziemi pieczętnej.