Kościół został ufundowany przez Kazimierza Wielkiego w 1357 r. wraz z nadaniem Krzepicom praw miejskich oraz budową zamku. Parafia początkowo przynależna była terytorialnie do diecezji krakowskiej, później  przyłączona do diecezji gnieźnieńskiej, czego dokonał arcybiskup Jarosław Bogoria ze Skotnik.
Sytuacja zmieniła się dopiero 30 VI 1818, kiedy Krzepice włączono do diecezji włocławskiej (kaliskiej), a następnie – 28 X 1925 r. – do diecezji Częstochowskiej.

W roku 1466 starosta krzepicki Jan Hińcza z Rogowa za zgodą Króla Kazimierza Jagiellończyka i arcybiskupa gnieźnieńskiego Jana Gruszczyńskiego, wyraził zgodę na utworzenie w Krzepicach klasztoru kanoników regularnych laterańskich św. Augustyna, czyniąc z parafii kościół zakonny aż do 1810 roku, czyli do kasaty wspomnianego zakonu. Kanonicy oprócz odprawiania nabożeństw wyznaczonych przez fundatorów, prowadzili szkołę parafialną, szpital oraz skryptorium. Także obecna plebania niegdyś funkcjonowała jako budynek klasztorny.

W XVII wieku klasztor rozbudowano. W 1656 roku, w trakcie słynnego „Potopu”, klasztor oraz kościół zostały obrabowane i spalone przez Szwedów. Planowano nawet rozbiórkę zrujnowanej, pozostałej części budynku klasztornego, czego na szczęście nie uczyniono. Zaadaptowano go natomiast dzisiejszą plebanię, w której zachowały się pierwotne elementy architektoniczne w postaci pięknych sklepień krzyżowych i rozkładu pomieszczeń na parterze.

Dzisiejszy wygląd świątynia otrzymała wraz z tworzeniem budynków klasztornych, bocznych kaplic, kilku dodatkowych elementów architektonicznych oraz remontów w latach 1548, 1620, 1660, oraz restaurowaniami: 1825, 1830, 1840-46, 1876, 1884, 1903, 1924, 1938, 1954-55, 1969 i w latach 90'. Zasadnicza zmiana wyglądu oraz wystroju nastąpiła w XVII stuleciu, kościół podwyższono i nadano mu monumentalny charakter, jego wnętrze rozbłysło barokowymi elementami (między innymi pięknymi, złotymi ornamentami czy figurami).
Starostą krzepickim był wówczas Mikołaj Wolski – dworzanin króla Zygmunta III oraz marszałek koronny. Świątynia połączyła tradycje późnego gotyku z motywami nowożytnymi. Około 1620 r. po północnej stronie została dobudowana kaplica Chrystusa Ukrzyżowanego (kaplica Łaszewskich). Znajduje się w niej późnobarokowy, XVIII wieczny ołtarz, przedstawiający Ukrzyżowanego Chrystusa wraz z narzędziami Męki Pańskiej i figurami Matki Bożej oraz św. Jana Ewangelisty. Około 1660 roku, po południowej stronie została dobudowana kaplica św. Józefa (Obywateli Krzepickich), będąca symetryczną kopią kaplicy Łaszewskich. Stanowi ona dziękczynne wotum za ocalenie od zarazy i potopu szwedzkiego. Co więcej, znajduje się w niej pochodzący z 1730 r. ołtarz św. Józefa z Dzieciątkiem, a także figurami Arona i Mojżesza. Chlubą kościoła jest wzmiankowany w 1730 r. ołtarz z cudownym obrazem Matki Boskiej Różańcowej Krzepickiej, koronowany ponownie w 1993 roku.

Żródło: www.swietyjakubkrzepice.pl

KESZ znajduje się poza terenem świątyni, przy parkingu (możliwy drive-in dla leniwych).