Powstał w I połowie XV wieku w wyniku rozbudowy kaplicy wzniesionej wcześniej przez joannitów. Relikty tej XIII-wiecznej, romańskiej świątyni, w postaci granitowych ciosów, wbudowane zostały w filary nawy głównej obecnego prezbiterium.

Z napisu na tablicy umieszczonej w wieży dowiadujemy się, że budowę nowego kościoła rozpoczęto w 1408 roku, a data 1464, umieszczona na dużym dzwonie, pozwala sądzić, że był to czas, kiedy zakończono budowę wieży i całego kościoła.

Zgodnie z duchem epoki, kościół w kształcie hali, utrzymany w stylu gotyckim, posiada niektóre rozwiązania wzorowane na Kolegiacie Mariackiej. Podobieństwo to dostrzegamy w obejściu z kaplicami dookoła głównego ołtarza i w dekoracjach wieży. W nawie środkowej zastosowano sklepienia gwiaździste, a nawach bocznych krzyżowe. Świątynię szczęśliwie omijały pożary, nawiedzające średniowieczne miasto. Jednak w roku 1540 i 1697 na skutek wichury i być może błędów konstrukcyjnych dwukrotnie uległa zniszczeniu wieża, która spadając, zgniotła sklepienie i kaplice przywieżowe. Po drugiej, dość szybkiej, lecz niecałkowitej odbudowie, wieża otrzymała dach dwuspadowy. Przetrwał on blisko dwa stulecia. Obecna wieża, a dokładnie jej stożkowy hełm, pochodzi z roku 1892. Wysokość 99 m zapewnia jej jedno z pierwszych miejsc na Pomorzu Zachodnim.

Wiosną 1998, podczas remontu zwieńczenia wieży, odkryto zbiór dokumentów i monet wraz z listem pastora kościoła, z datą 17 sierpnia 1893, umieszczonych w metalowej kuli. Odkryte przedmioty przechowywane są w Muzeum Miejskim przy Rynku Staromiejskim, a ich miejsce zajęły informacje o współczesnym Stargardzie oraz przesłanie do przyszłych pokoleń.

Po przejęciu Stargardu przez władze polskie w 1945 pieczę nad kościołem objęli księża z Towarzystwa Chrystusowego dla Polonii Zagranicznej, którzy przystąpili do sukcesywnej renowacji i urządzania.

Najpierw naprawiono dach i usunięto dwa pociski artyleryjskie, które tkwiły w wieży. W 1946 przebito ścianę w wieży od strony zachodniej, a tym samym utworzono nowe główne wejście. W 1954 przeszklono okna i wykonano ponowny remont dachu. Zużytą posadzkę ceglaną wymieniono w 1957 na marmurową. Podczas tych prac znaleziono ukryte w starym kanale grzewczym 3 kielichy, dzbanek i 2 srebrne lichtarze. W nawie głównej natrafiono na trumny, które nienaruszone przykryto gruzem i betonem. Ponadto naprawiono dwa dzwony.

W latach 1958-1961 wnętrze zostało pomalowane. W ramach renowacji na filarach powstały polichromie autorstwa prof. Hoppera; ufundowano także nowe ławki. W okresie 1968-1973 założono komplet witraży wykonanych w pracowni W. Ostrzołka w Katowicach, oraz przeprowadzono renowację murów zewnętrznych. Żyrandole pochodzą z roku 1976, a nowy marmurowy ołtarz z 1978. Budowę nowej zakrystii i odmalowanie wnętrza zrealizowano w latach 1980-1983.

24 czerwca 2003 w 760. rocznicę nadania praw miejskich Stargardowi, metropolita szczecińsko-kamieński Zygmunt Kamiński wydał dekret o ustanowieniu Jana Chrzciciela patronem miasta. Od początku istnienia Jan Chrzciciel jest bardzo silnie związany ze Stargardem.

W 2004 rozpoczęto wymianę krzyża oraz miedzianego poszycia dachu. 17 września 2010 w Ołtarzu Ojczyzny znajdującym się w kościele odsłonięto tablicę pamiątkową poświęconą ofiarom katastrofy polskiego Tu-154 w Smoleńsku.

Kościół św. Jana to kościół parafialny parafii św. Józefa (nazwa od nieistniejącej już świątyni, znajdującej się w pobliżu kościoła), kościoły filialne znajdują się w Grabowie, w Kiczarowie oraz w Klępinie. Kościół św. Jana ma prawo patronatu nad kościołami miejskimi.

Do II wojny światowej kościół św. Jana posiadał bogate wyposażenie. Najcenniejszym jego elementem był duży, późnogotycki poliptyk świętojański z II poł. XV wieku, dzieło warsztatu pomorskiego, o widocznych jednak wpływach sztuki Hamburga i Rostocku. W szafie środkowej mieściły się duże rzeźby Maryi i Chrystusa oraz sceny z życia św. Jana. Został on zdemontowany przed działaniami wojennymi w 1945 i złożony w kościele filialnym w Tychowie. Obecnie znajduje się on w Muzeum Narodowym w Szczecinie. Barokowa ambona została wywieziona w głąb Niemiec w 1945.

Organy zbudowane przez organomistrza Wagnera pochodzą z 1731. W północnej części kościoła przy zakrystii znajdują się piętnastowieczne czterosiedziskowe stalle o rzeźbionych ściankach. W 2005 zostały zakupione do kościoła relikwie świętego Rafała Kalinowskiego