Fundamenty pod ten kościół położył w 1877 ks. Józef Stolarczyk. Świątynię wznoszono powoli i mozolnie z górskiego, twardego kamienia w latach 1879 - 1896, dzięki ofiarności parafian i właściciela dóbr zakopiańskich hrabiego Władysława Zamoyskiego. Nowy kościół parafialny pod wezwaniem Świętej Rodziny został konsekrowany 16 września 1899 r. przez biskupa krakowskiego Jana Puzynę.
Kościół zbudowany jest w stylu neoromańskim. Wnętrze natomiast jest mieszanką stylów neoromańskiego, stylu zakopiańskiego Stanisława Witkiewicza, oraz tzw. sposobu zakopiańskiego. Polichromię kościoła malował Janusz Kotarbiński. Ołtarz główny jest dziełem Kazimierza Wakulskiego. Jedynym elementem wykonanym całkowicie w stylu zakopiańskim jest przylegająca do świątyni kaplica św. Jana Chrzciciela.
W latach 1935 - 1941 wikariuszem parafii był m.in. bł. ks. Piotr Dańkowski, męczennik II wojny światowej.
7 czerwca 1997 kościół św. Rodziny odwiedził Jan Paweł II i spotkał się z dziećmi pierwszokomunijnymi z Zakopanego. Wizyta Ojca Świętego poprzedzona została gruntowną renowacją świątyni.
Wyrzeźbiony przez Kazimierza Wakulskiego w krakowskim warsztacie w 1903 roku, jest to tryptyk z figurami świętej rodziny – Marią, Józefem i Jezusem – w centralnej części. Skrzydła ołtarz zdobią płaskorzeźby przedstawiające Zwiastowanie Najświętszej Marii Panny i Nawiedzenie św. Elżbiety. Całość jest bardzo realistyczna i kolorowa, przypomina trochę szopkę bożonarodzeniową. Dwa boczne ołtarze, w nawie prawej – św. Antoniego i w nawie lewej św. Franciszka z Asyżu. Ten drugi projektował antagonista Witkiewicza, Edgar Kovats, który realizował też wystrój w Kaplicy Najświętszego Serca Jezusowego. Ołtarz został przezwany przez Witkiewicza „samowarem na trzy tysiące szklanek”.
Jedno z najciekawszych miejsc w kościele to kaplica z 1899 roku św. Jana Chrzciciela, zbudowana z boku na północnej stronie prezbiterium. Otwierana jest tylko na życzenie zwiedzających, należy to zgłosić na zakrystii. Zaprojektowana przez Stanisława Witkiewicza, namalował on też obraz przedstawiający Jana Chrzciciela na tle Czarnego Stawu Gąsienicowego. W kaplicy mieści się też piękny piec kaflowy, rzeźbione ławy oraz konfesjonał i ambony. Całość utrzymana jest w tonacji ciemnozielonej i niebieskiej, światło wpada przez dwa witraże w kolorze zieleni tworząc niezwykłe wrażenie. Kaplica jest jednym z najcenniejszych zabytków stylu Zakopiańskiego.
W kościele św. Rodziny mieszczą się jeszcze dwie kaplice. Ulokowana w prawej nawie – Kaplica Najświetszego Serca Jezusowego – miejsce adoracji Najświętszego Sakramentu, oraz w lewej zaprojektowana przez Witkiewicza – kaplica Matki Boskiej Różańcowej. Centralnym punktem kaplicy jest ołtarz przedstawiający figury Matki Boskiej i Dziecięcia z różańcami w dłoni.
[skrzynka] Mikromagnetyk pod orzełkiem