Budynek dworca w Pszczółkach został oddany do użytku w 1908.
1 kwietnia 2021 PKP SA po trwającym od jesieni 2019 roku po remoncie oddało do użytku podróżnych trzykondygnacyjny budynek dworcowy wpisany do gminnej ewidencji zabytków.
Obiekt został gruntownie wyremontowany z zachowaniem historycznego wyglądu zewnętrznego (ceglana elewacja w stylu neogotyckim wraz z detalami architektonicznymi), ale ze zmianą układu wnętrza mieszczącego poczekalnię.
W wyniku prac odtworzono historyczną stolarkę okienną i drzwiową, a także wymieniono poszycie dachowe.
Na elewacji od strony peronów umieszczono cztery herby: województwa pomorskiego, powiatu gdańskiego oraz Gdańska i Pszczółek, namalowane na płycie z blachy nierdzewnej.
W poczekalni pozostawiono oryginalne łuki między kolumnami oraz posadzkę ceramiczną, w którą wkomponowano ścieżki dotykowe dla osób niedowidzących lub niewidomych.