Inauguracja mierzącego dokładnie 83,8 kilometra odcinka z Malborka do Braniewa odbyła się w dniu 19.10.1852 r. i odtąd pociągi kursowały na linii Malbork - Elbląg - Bogaczewo - Braniewo. Natomiast połączenie z Braniewa do Królewca o długości 61,9 km, zostało uroczyście otwarte w dniu 2.08.1853 r., gdy pierwszy parowóz przejechał pomiędzy Pasłęką i Pregołą – wśród wiwatów i ogólnej radości mieszkańców prowincji, będących świadkami przejścia z epoki dyliżansu do epoki kolei.
W uroczystości otwarcia Kolei osobiście uczestniczył król pruski Fryderyk Wilhelm IV.
Wybudowany w 1916 roku budynek dworca istnieje do dziś i jest wpisany do rejestru zabytków.. Obiekt przetrwał działania wojenne, pomimo że dworzec w 1945 r. był bombardowany przez sowieckie lotnictwo.
i jest wpisany do rejestru zabytków.
Stacja Braniewo jest kolejowym przejściem granicznym.
Wzrost importu węgla był tu powodem przyjazdu górników ze Śląska i blokady torów 24 września 2014 roku.