Stacja powstała w 1877 podczas budowy kolei nadwiślańskiej Warszawa – Mława. Powstał wówczas również drewniany budynek dworca (identyczny stoi do dziś w Gąsocinie) oraz towarzyszące mu obiekty.
W 1984 do Ciechanowa dotarła trakcja elektryczna. Stary dworzec został zburzony podczas budowy dworca nowego, systemowego.
Nowy dworzec został oficjalnie otwarty 15 grudnia 2015 roku.
Budowa otrzymała 3. miejsce w konkursie „Budowa Roku 2015” organizowanym przez Olsztyńską Izbę Budowlaną.