Stacja kolejowa w Zbąszyniu powstała w 1870 roku, kiedy uruchomiono linię Kolei Marchijsko-Poznańskiej z Berlina i Gubina do Poznania. W 1885 otwarto połączenie do Międzyrzecza, w 1886 do Wolsztyna, a w 1908 do Międzychodu.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r. Zbąszyń stał się miastem granicznym z Niemcami z ważną, graniczną stacją kolejową.
Miasto posiadało wówczas liczne urzędy państwowe i samorządowe związane z ruchem granicznym jak: duża stacja kolejowa, ekspedycja towarowa, kolejowa, agencja celna, urząd celny, Urząd Kontroli Skarbowej, Komisariat Kolejowy Policji Granicznej oraz urząd pocztowy.
W marcu 2021 roku rozpoczęto remont i przebudowę budynku zbąszyńskiego dworca kolejowego, wzniesionego w 1929 roku. Nowy obiekt niebawem zostanie oddany do użytku.