Budynek dworca został otwarty w 1856 roku z chwilą uruchomienia połączenia kolejowego na trasie Wrocław - Poznań. Pierwszy regularny kurs składu na trasie miał miejsce 27 października 1856 r. W 1969 rok przeprowadzono elektryfikację.
W 2014 roku Kościański dworzec został całkowicie wyremontowany. Odnowiono elewację, wymieniono dach oraz drzwi i okna. Został dostosowany do osób niepełnosprawnych. Ułatwiono także osobom niedowidzącym i niewidzącym poruszanie się po nim poprzez zamontowanie specjalnych płytek kierunkowych. W budynku dla podróżnych dostępne są nowe kasy, toalety, zainstalowano monitoring oraz nowy system ostrzegania pożarowego.