Dworzec powstał na linii Pruskiej Kolei Wschodniej. Służył przede wszystkim położonym na wysoczyźnie Strzelcom Krajeńskim. Poprowadzenie linii bezpośrednio przy mieście, z uwagi na ukształtowanie terenu, nie było możliwe.
W 1897 stacja stała się węzłem – powstała wtedy linia do miasta, w 1902 przedłużona do Lubiany Pyrzyckiej. Z uwagi na dynamiczny rozwój lokalnego przemysłu i intensywnego rolnictwa stacja była kilkakrotnie rozbudowywana, a dworzec powiększany
26 lipca 2011 roku na stacji doszło do wykolejenia siedmiu wagonów towarowych. Po rozładowaniu kilku wagonów w pobliskiej firmie Eurovia, wagony stoczyły się i przejechały około 2 km bez lokomotywy, następnie wypadły z torów i uderzyły w budynek stacji kolejowej.
Na miejscu zginęły dwie osoby znajdujące się w mieszkaniu, w które wbił się jeden z siedmiu wagonów. Trzecia ofiara to 18-letnia dziewczyna, która w chwili wypadku stała na peronie.
Podjęto wówczas decyzję o całkowitej rozbiórce dworca i budowie nowego obiektu.
Do połowy 2024 roku stacja nosiła nazwę Strzelce Krajeńskie Wschód.