Początki klasztoru Franciszkanów w Gnieźnie sięgają 1259 roku. Do miasta zostali sprowadzeni przez księcia kalisko-gnieźnieńskiego Bolesława Pobożnego i jego małżonkę bł. Jolentę, którzy byli również fundatorami klasztoru. Z inicjatywy wspomnianych książąt, a także dzięki fundacji i uposażeniu przez księcia Przemysława II (bratanka Bolesława Pobożnego) powstał w Gnieźnie również klasztor Sióstr Klarysek (żeńskiej gałęzi Zakonu Franciszkańskiego). Po śmierci księcia Bolesława Pobożnego w 1279 roku Jolenta wstąpiła do Zakonu Klarysek w Starym Sączu razem ze swoją rodzoną siostrą św. Kingą (również owdowiałą). Po śmierci Kingi w 1292 roku Jolenta wróciła do Gniezna, do niegdyś ufundowanego wraz z mężem klasztoru Sióstr Klarysek. Tu w opinii świętości w 1304 roku zakończyła swoje doczesne życie. Gnieźnieński kościół Franciszkanów i Klarysek stał się miejscem przechowywania jej relikwii. Po śmierci Jolenta była otoczona kultem, który w 1827 roku został przez papieża Leona XII zatwierdzony aktem beatyfikacji.

Budowę kościoła Franciszkanów w stylu gotyckim rozpoczęto w 1270 r.. Konsekracji kościoła p.w. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny dokonano w 1279 r.. Kościół był jednonawowy. Na przełomie XIII i XIV wieku dobudowano piętrową nawę boczną, której górna kondygnacja służyła Klaryskom jako klasztorne oratorium. Dolna była dostępna dla wiernych. Główne wejście do kościoła i klasztoru Franciszkanów oraz do klasztoru Klarysek, znajdowało się od strony rynku. Obydwa klasztory znalazły się w obrębie wybudowanych w późniejszym czasie murów miejskich.

Wielki pożar, który w 1613 r. dotknął miasto Gniezno, nie oszczędził również kościoła franciszkańskiego. Po tym pożarze nastąpiła barokizacja świątyni, oprócz gotyckiego prezbiterium. W czasie tych przeróbek architektonicznych kościoła, zerwano gotyckie sklepienie, ponieważ w czasie pożaru runęła na nie wieża, a zastąpiono je sklepieniem barokowym. Formę barokową zyskały też okna. W oratorium Klarysek, od strony północnej przylegającym równolegle do głównej nawy kościoła Franciszkanów, znajduje się ołtarz z okazałym relikwiarzem zawierającym doczesne szczątki bł. Jolenty. Z tą świątynią oraz klasztorem sióstr Klarysek ściśle łączą się losy klasztoru Ojców Franciszkanów. W ramach polskiej Prowincji zakonnej, gnieźnieński klasztor (o randzekustodialnego) stanowił siedzibę kustosza.
Dwoma reskryptami Ministeriów Spraw Duchownych i Finansów z dnia 29 i 30 listopada 1836 roku nastąpiła formalna kasata klasztoru Ojców Franciszkanów w Gnieźnie. Natomiast klasztor Klarysek gnieźnieńskich został zniesiony (tj. skasowany) na mocy reskryptu w/w Ministeriów z dnia 31 stycznia 1837 roku. Od tego momentu przez niespełna sto lat nie było w Gnieźnie Franciszkanów. Kościołem pofranciszkańskim opiekowali się proboszczowie parafii Świętej Trójcy w Gnieźnie. Natomiast budynki klasztorne początkowo zajęło wojsko, a później rząd pruski wystawił je na licytację.

Franciszkanie wrócili do Gniezna 28 grudnia 1928 roku. Wtedy to oddano im jedynie kościół, bo w budynku klasztornym mieściła się szkoła. Zakonnicy zamieszkali w kilku celkach od strony południowej przyległych do prezbiterium. Metropolita gnieźnieńsko-poznański kardynał August Hlond powierzył Franciszkanom parafię utworzoną przy ich kościele.

W latach 1930-32 dokonano regotyzacji kościoła poprzez wymianę w nawie głównej sklepienia barokowego na krzyżowo-żebrowe. Przywrócono dawne gotyckie otwory okienne. Przerobiono dawne oratorium Klarysek, usuwając strop dzielący kondygnację dolną od górnej. Ponadto usuwając fragmenty ścian dokonano połączenia dawnego oratorium (dziś nawy) z kościołem franciszkańskim. W ten sposób zespół sakralny franciszkanów stał się bardziej praktyczny pod względem duszpasterskim.

Na krótko przed wybuchem wojny w 1939 r. Franciszkanie wykupili od miasta swój klasztor, ale już nie zdołali w nim zamieszkać. W listopadzie 1939 r. zostali przez gestapo aresztowani i wywiezieni z Gniezna, a nawet Wielkopolski. Jednak po wojnie Franciszkanie wrócili do Gniezna i udało się im odnaleźć dowody kupna klasztoru. Wobec tego już od 1945 r. zaczęli doprowadzać klasztor do pierwotnego wyglądu.

Przed Millenium Chrztu Polski odnowiono franciszkański klasztor i kościół. W świątyni ubogacono ołtarze figurami i sztukaterią, wybudowano nową ambonę w miejsce dawnej drewnianej (neogotyckiej), odnowiono zabytkowe obrazy ołtarzowe i ścienne. W klasztorze w dolnych pomieszczeniach i krużgankach położono nową lastrykową posadzkę.

Źródło: http://franciszkanie.gniezno.pl/historia/