Kościół zbudowano w latach 1901-1903 r. dla gminy ewangelicko-unijnej jako farę ewangelicką pw. Świętego Krzyża. Był on następcą poprzedniej świątyni zbudowanej w Bydgoszczy w 1787 r.
Świątynia powstała na obszarze zniwelowanej dawnej wyspy zamkowej, gdzie do 1656 r. znajdował się zamek starościński (w latach 1656-1895 w ruinie), zbudowany z polecenia Kazimierza Wielkiego.
Kesz - ukryty na kordach +/- 4 m. Magnetyk