Cerkiew na Pradze była pierwszą samodzielnie stojącą prawosławną świątynią Warszawy. Dało to możliwość pełnego "rozwinięcia skrzydeł" jej budowniczym. Nic więc dziwnego, że odwiedzający Warszawę w 1876 r. Fritz Wernicki pisał: „Do najpiękniejszych należy tylko jedyny oryginalny Kościół grecki, który znajduje się na Pradze pośród zieleni parkowej prawobrzeżnej Warszawy. W nim dopiero możemy nasycić oko najczystszym, najprawdziwszym, najpiękniejszym stylem bizantyjsko-rosyjskim ".
W czasie II wojny światowej na skutek bombardowania zniszczona została lewa strona katedry, a podczas powstania warszawskiego spłonęła główna kopuła. W latach 1969 - 1970 cerkiew poddano konserwacji, przywracając i częściowo rekonstruując pierwotną dekorację ścienną wnętrza.
Obecnie cerkiew p.w. Św. Marii Magdaleny jest katedrą metropolitalną, najważniejszą świątynią prawosławną w Polsce i jedną z najważniejszych w Powszechnym Kościele Prawosławnym, a dokładniej trzynastą w hierarchii świątynią katedralną, gdyż Kościół Prawosławny w Polsce jako trzynasty otrzymał autokefalię. W 1871 r. w pobliżu cerkwi wybudowano plebanię, która obecnie stanowi siedzibę główną głowy kościoła prawosławnego - " Jego Eminencji Wielce Błogosławionego Prawosławnego Metropolity Warszawskiego i Całej Polski")