Na terenie Gminy Oświęcim występują 4 bioróżnorodne i wyjątkowe ostoje przyrodnicze należące do tzw. sieci Natura 2000. Są to:
Stawy w Brzeszczach – ptasia ostoja, w której granicy znajdują się należące do gminy Oświęcim miejscowości: Brzezinka, Rajsko, Harmęże i Pławy. Wisła zachowała na tym odcinku swój dziewiczy charakter. Znajduje się tutaj wyjątkowa i bogata szata roślinna oraz wiele gatunków ptaków, również tych zagrożonych oraz cennych dla całej Europy. W skali kraju stawy w Brzeszczach są jednymi z niewielu ostoi lęgowych ślepowrona czy rybitwy białowąsej.
Dolina Soły - obejmuje fragment doliny rzeki na odcinku od mostu drogowego na trasie Kęty-Pisarzowice do dolnej granicy Zespołu Przyrodniczo-Krajobrazowego leżącego w granicach miasta Oświęcim. Obszar obejmuje naturalny fragment doliny podgórskiej Soły z szerokim, kamienistym, meandrującym i miejscami wielonurtowym korytem. Brzegi rzeki porastają na wielu fragmentach cenne przyrodniczo lasy łęgowe. Na terenie ostoi wyjątkowo licznie występuje kumak nizinny.
Dolina Dolnej Skawy – obszar specjalnej ochrony ptaków. Obejmuje on fragment doliny Wisły i uchodzącej do niej rzeki Skawy wraz z sąsiadującymi stawami hodowlanymi w gminie Oświęcim obejmuje miejscowość Dwory Drugie. Na stawach w ostoi doskonale rozwinięta jest roślinność wodna oraz zasobne stanowiska mają tutaj między innymi, dwa rzadkie i podlegające ochronie gatunki: grzybieńczyk wodny i kotewka orzech wodny.
Dolina Dolnej Soły – ostoja obejmująca kompleksy stawów hodowlanych, wyrobiska pożwirowe i fragment doliny dolnej Soły od terenów gminy Kęty po gminę Oświęcim, w ramach której leży na terenach Rajska, Grojca, Zaborza i Poręby Wielkiej. Soła zachowała tu fragmentarycznie swój naturalny, podgórski charakter z rozległymi kamienistymi łachami i plażami, wysokimi skarpami podmytych brzegów i starorzeczami.