Na starym szlaku królewskim, wiodącym z Krakowa przez Warszawę, Tykocin i Knyszyn do Grodna i Wilna, znajduje się prastare Sanktuarium Maryjne z łaskami słynącym obrazem Matki Bożej Pocieszenia umieszczonym w głównym ołtarzu świątyni.
Jak głosi miejscowa legenda, obraz Matki Bożej pojawił się na grubej lipie, pod którą stała krypa przeznaczona do pojenia koni. Działo się to w miejscu, słabo zamieszkałym gdzie podróżni po przeprawie rzeki Narwi w Tykocinie i jej rozległych bagien, mogli w cieniu drzew puszczańskich, na niewielkim wzniesieniu odpocząć przed dalszą podróżą. Obraz trzykrotnie odnoszono do kościoła w Knyszynie i za każdym razem powracał. Na koniec powiedział: „Ja nie będę w Knyszynie, ja na wieki pozostanę w Krypnie”. Od tego miejsca i wydarzenia prawdopodobnie pochodzi nazwa miejscowości: najpierw „Krypka”, „Krypa”, a na początku XVI w – „Krypno”.

Obraz umieszczono w małej kaplicy, zbudowanej na miejscu objawienia ,  która przetrwała do 1625 r.

Po ufundowaniu przez Mikołaja II Radziwiłła w 1520 r. kościoła w Knyszynie, obecne Krypno Kościelne zostało nadane jako beneficjum kościoła knyszyńskiego. W połowie XVI w. istniała tu kaplica z plebanią i zabudowaniami gospodarczymi. Przebywał na stałe wikariusz knyszyński i odprawiał  nabożeństwa. W 1625 r. Katarzyna Zamojska z Ostrogskich, córka wojewody wołyńskiego – żona Tomasza Zamojskiego, podkanclerzego królewskiego – ufundowała drewnianą świątynię, która była kościołem filialnym parafii knyszyńskiej. Kościół ten wzniósł ks. Józef Szczyt-Zabielski przy pomocy majstra z Peńskich. Oprócz ołtarza głównego z cudownym obrazem posiadał dwa boczne ołtarze: św. Katarzyny Aleksandryjskiej i św. Stanisława Kostki. Przy kościele tym istniał cmentarz grzebalny. Po 150 latach istnienia kościoła Ks. Antoni Wacław Betański – proboszcz knyszyński, późniejszy biskup przemyski, w latach 1765 -1777 zbudował nowy kościół drewniany, znacznie większy od poprzedniego. Przetrwał ponad 115 lat.

W latach 1881 – 1885, dzięki staraniom proboszcza knyszyńskiego ks. Adama Słonimskiego i za zezwoleniem cara Aleksandra III wzniesiono w Kry pnie obecny murowany kościół p.w. Narodzenia NMP. Projekt świątyni w tzw. stylu przejściowym  (połączenie motywów neoromańskich i neogotyckich) wykonał ceniony w tym czasie architekt Feliks Nowicki. W budowę znaczny wkład materialny wniosła Róża z Potockich Krasińska – Raczyńska, żona starosty knyszyńskiego (synowa poety Zygmunta Krasińskiego). Ołtarz główny przeniesiono prawdopodobnie ze starej świątyni w roku 1888 przez majstra Bartoszewicza Władysława (zapis na konstrukcji ołtarza odkryty w czasie renowacji 2007 – 2008 r.) W ołtarzu głównym umieszczono krypniański, słynący łaskami obraz Matki Bożej Pocieszenia.

Prace remontowe i porządkowe na większą skalę przeprowadzono w latach 30-tych XX w. gdy proboszczem był ks. Antoni Walentynowicz. Wybudował wtedy kaplicę za prezbiterium, kaplice Siedmiu Boleści Matki Najświętszej, kaplicę pogrzebową, ogrodził kamiennym murem plac kościelny. Przy bramie od strony plebanii wmurował fragment kamiennej płyty, która prawdopodobnie pochodzi z nieodnalezionego do tej pory sarkofagu z sercem króla Zygmunta Augusta. W czasie II wojny światowej sanktuarium było poważnie uszkodzone. Szkody zostały szybko naprawione.    W dniu 08 IX 1985 r., dokonano uroczystej koronacji obrazu Matki Bożej. Obrzędu tego dokonali: Prymas Polski kard. Józef Glemp, kard. Henryk Gulbinowicz i bp Edward Kisiel. W 1997 r. Abp Stanisław Szymecki podniósł kościół parafialny do godności kolegiaty, ustanawiając jednocześnie Kolegiacką Kapitułę Krypniańską