Stara Synagoga jest najstarszą z synagog zachowanych w Polsce. Wzniesiona została w XV w. na wzór gotyckich synagog niemieckich i czeskich. W 1570r. zostala przebudowana przez włoskiego budowniczego Mateusza Gucciego, który nadał jej renesansową forme, zachował jednak poprzedni plan budowli i odtworzył jej krzyżowo-żebrowe sklepienie.
W 2 połowie XVI w. i w 1 połowie XVII w. do synagogi dostawiono kolejno przedsionek, dwie modlitewnie dla kobiet i dom zarządu gminy. Całość zabudowań tworzyła centrum religijno-administracyjne gminy żydowskiej na Kazimierzu. Przed I wojną światową i po jej zakończeniu poddawana była wieloetapowej restauracji, projektowanej w latach 1904, 1913 i 1923 przez Zygmunta Hendla. W 1941 r., w okresie tworzenia przez Niemców getta w Krakowie przejęta została przez niemiecki Urząd Powierniczy (Treuhandstelle) i użytkowana następnie jako magazyn. Jej wyposażenie uległo zniszczeniu.
Pod koniec 1944 r. runęło jej sklepienie, być może zniszczone świadomie. W latach 1956-1959 została odrestaurowana. Na podstawie porozumienia zawartego 30.10.1959 r. pomiędzy Żydowską Gminą Wyznaniową w Krakowie i Muzeum Historycznym Miasta Krakowa, powstało w niej muzeum - Oddział Dziejów i Kultury Żydów.
Uwaga! Skrzyneczka ukryta od października 2009 na geocaching.com