Łączony z działalnością templariuszy, pierwotny granitowy kościół powstał w XIII wieku. Jednak już w 1271 roku został prawie całkowicie zniszczony.
Kościół podczas swojej całej historii wielokrotnie ulegał zniszczeniom i pożarom.
Od 1593 roku – świątynia protestancka.
Po II wojnie światowej przekształcony został w kościół rzymskokatolicki.
Od 1992 siedziba Myśliborskiej Kapituły Kolegiackiej.
W ostatnich latach wykonano renowację ołtarza (2001), naprawę zegarów wieżowych (2003) oraz iluminację kolegiaty (2004).
Wyposażenie kościoła:
ołtarz główny – barokowy, drewniany, bogato polichromowany. Ufundowany w 1697 przez dwóch burmistrzów Myśliborza. Wysokość ołtarza wynosi 13,5 m. W predelli przedstawiono Ostatnią Wieczerzę. Dwie postacie po bokach symbolizują Stary i Nowy Testament. W retabulum scena Ukrzyżowania z figurami czterech ewangelistów. W zwieńczeniu Zmartwychwstanie i Wniebowstąpienie.
ambona – zbudowana w latach siedemdziesiątych XVII w. Ozdobiona malowanymi wizerunkami czterech ewangelistów oraz dwoma obrazami przedstawiającymi drabinę Jakubową i śmierć Jonasza. Baldachim ambony zwieńczony wizerunkiem pelikana karmiącego własną krwią swe młode.
organy – wykonane w latach 1843-48 przez C. A. Buchholza z Berlina.