Klasztor został ufundowany przez Kazimierza Odnowiciela w II połowie XI wieku. Benedyktyni zostali wówczas sprowadzeni do założonego dwa wieki wcześniej grodu na półwyspie wcinającym się w Jezioro Mogileńskie. Dopiero w XVIII w wspólnota benedyktynów na nowo zaczęła przeżywać rozkwit i dokonała przebudowy kompleksu klasztornego w stylu barokowym, która miała miejsce w latach 1760–1797. W latach 70. XX wieku naukowcy z UMK podjęli badania archeologiczne i historyczne w klasztorze, dokonano wówczas również remontu obiektu.
Skrzynka ukryta w murze przy samych schodach z parkingu do klasztoru (patrz foto)