Powstała w 1596 jako „Biblioteka Rady Miejskiej” Gdańska na bazie zbioru 1161 voluminów podarowanego 28 września 1591 przez włoskiego humanistę Jana Bernarda Bonifacio gdańskiemu gimnazjum miejskiemu w zamian za dożywotnie utrzymanie w tutejszym domu profesorów. Dar został wzbogacony o zbiory ówczesnych gdańskich teologów i prawników do objętości ponad 4000 woluminów.
Na początku XIX wieku zbiory biblioteki obejmowały ponad 26 000 woluminów. W 1879 biblioteka wzbogaciła się o księgozbiór Jana Uphagena, zaś w latach 1880, 1893 i 1898 o zbiory przyrodnika Franciszka Mengego, Augusta Bertlinga (liczne polonika) i Zachodniopruskiego Towarzystwa Historycznego (Westpreussischer Geschichtsverein).
W 1899 wielkość księgozbioru wynosiła 111 000 tomów.
Niemcy podczas II wojny światowej najcenniejsze inkunabuły, rękopisy i stare druki wywieźli poza bibliotekę. W wyniku akcji rewindykacyjnej po wojnie pracownicy biblioteki odzyskali około 80 000 wartościowych woluminów. Dodatkowo zbiory zostały powiększone m.in. o księgozbiory Polonii Gdańskiej i Gdańskiego Towarzystwa Naukowego. W 1955 biblioteka została przyłączona do struktur naukowych Polskiej Akademii Nauk.
Pod koniec 2005 w zbiorach BG PAN znajdowało się prawie 800 000 woluminów książek.
9 kwietnia 2018 przed Biblioteką Gdańską PAN postawiono pomnik-ławeczkę upamiętniający Mariana Pelczara.
rycina i tekst za Wiki
KESZ:
Za plecami Mariana.