Budynek dawnego Szpitala Sióstr Elżbietanek został wzniesiony w latach 1929–1931 staraniem Zgromadzenia Sióstr św. Elżbiety jako szpital pod wezwaniem św. Antoniego. Ówczesna nazwa szpitala wpisuje się w historię misyjnej działalności Sióstr Elżbietanek na rzecz niesienia pomocy chorym. Jej początek wiąże się z działalnością hr. Julii Aleksandrowicz, która pod wpływem osobistych przeżyć postanowiła poświęcić się niesieniu pomocy chorym. Zdobyła wykształcenie pielęgniarskie w Wiedniu i Berlinie, a po powrocie do Warszawy postanowiła stworzyć własny szpital. W tym celu z jej inicjatywy powstało w 1902 roku w Warszawie Towarzystwo Opieki nad Chorymi Pozaszpitalnymi pod wezwaniem św. Antoniego, które dzięki darowiznom i datkom zakupiło w 1908 roku budynek przy ul. Topiel 14, gdzie urządzono szpital pod wezwaniem św. Antoniego. Hr. Julia Aleksandrowicz do pracy w tym szpitalu sprowadziła w 1922 roku z Poznania pierwsze Siostry Elżbietanki. To one, a zwłaszcza matka przełożona Ludwika Opertowska, wystąpiła w 1928 roku z ideą budowy nowego szpitala. W tym celu Siostry Elżbietanki zakupiły plac na Mokotowie przy ul. Goszczyńskiego 1.
W dniu 15 sierpnia 1929 roku nuncjusz papieski w Polsce arcybiskup Franciszek Marmaggi poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego szpitala pod wezwaniem św. Antoniego. Budowę szpitala ukończono w 1931 roku. Wzniesiony czteropiętrowy gmach posiadał oddziały: wewnętrzny, chirurgię, laryngologię, ginekologię i okulistykę. W szpitalu mieszkały również Siostry Elżbietanki.
W czasie okupacji szpital był cywilnym szpitalem niemieckim. Liczył około 100 łóżek. Przed wybuchem Powstania, 28 lipca Niemcy ewakuowali szpital. W pierwszych godzinach Powstania został on zajęty przez oddziały pułku "Baszta". Cały ciężar pomocy rannym wzięła na siebie służba zdrowia "Baszty" i sanitariatu pułkowego. Ulokowano w nim szefostwo sanitarne Obwodu. Szefem Obwodu był ppłk prof. Edward Loth ps. "Gozdawa". Wobec dużego napływu rannych utworzono kilka polowych filii szpitala, przy ul. Pielickiej, Lenartowicza i Puławskiej, łącznie na ok. 200 łóżek.
Od 13 sierpnia szpital zaczął być systematycznie ostrzeliwany z ciężkiej artylerii. Rannych zniesiono na niższe kondygnacje i założono nową filę szpitala przy ul. Malczewskiego. Ciężkie bombardowania i ostrzał artyleryjski miały miejsce 20 sierpnia. 29 sierpnia, mimo oznakowania szpitala flagami Czerwonego Krzyża, został ostrzelany przez czołgi i bombardowany z powietrza. Piloci ostrzeliwali z broni pokładowej personel i powstańców wynoszących rannych z bombardowanego budynku. Zginęło tego dnia kilkadziesiąt osób. Uratowanych rannych umieszczono głównie w gmachu sióstr franciszkanek przy ul. Misyjnej 7. Szpital działał do końca obrony Mokotowa. W ruinach szpitala, w niezawalonych piwnicach urządzono punkt opatrunkowy. 25 września Niemcy zajęli ruiny Szpitala Sióstr Elżbietanek wraz z sąsiednimi pomieszczeniami przepełnionymi rannymi. Po Powstaniu Warszawskim szpital w 90 procentach został zniszczony przez Niemców, a Siostry Elżbietanki wywiezione do obozu w Pruszkowie.
Po wojnie Siostry Elżbietanki jako właścicielki zburzonego budynku zwróciły się w 1946 roku do ówczesnego Wydziału Zdrowia Rady Narodowej w Warszawie z prośbą o pomoc finansową na odbudowę szpitala. Pomoc taką uzyskały w zamian za dziesięcioletnią dzierżawę szpitala. Odbudowa szpitala prowadzona była w latach 1946–1948.
W 1949 roku szpital upaństwowiono. Siostry Elżbietanki pracowały w nim i mieszkały jeszcze do 1954 roku, kiedy to zostały wyrzucone ze szpitala. W okresie powojennym szpital nosił nazwy: Szpitala Miejskiego nr 6 w Warszawie, Szpitala Sióstr Elżbietanek oraz zwyczajową nazwę używaną przez pacjentów – „szpital na Goszczyńskiego”.
27 maja 2013 r. został uroczyście otwarty w Warszawie Szpital św. Elżbiety - Mokotowskie Centrum Medyczne Sp. z o.o., działający w zrewitalizowanym obiekcie dawnego Szpitala Zgromadzenia Sióstr św. Elżbiety przy ul. Goszczyńskiego.
Szpital św. Elżbiety dysponuje łącznie 146. łóżkami w 1-, 2- i 3-osobowych salach pacjentów, w tym 12. łóżkami opieki pooperacyjnej i 6. stanowiskami AOIT oraz 12 stanowiskami chemioterapii ambulatoryjnej, a ponadto izbą przyjęć, centralnym blokiem operacyjnym (5 sal operacyjnych), zakładem diagnostyki obrazowej, 6. gabinetami zabiegowymi, poradnią z 12. gabinetami badań, laboratorium analitycznym, centralną sterylizatornią oraz apteką szpitalną.
Szpital miał niewątpliwe sukcesy i był na mapie Warszawy ważną placówką służby zdrowia.
Jeszcze przed upaństwowieniem w 1946 r. powstał w nim jako jeden z pierwszych w kraju Oddział Gastrologiczny, w 1951 r. przekształcony w Klinikę Gastroenterologii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego (CMKP) – prof. Eugeniusz Butruk, prof. Witold Bartnik.
W szpitalu powstał w 1954 r. pierwszy w Polsce Oddział Chorób Układu Krążenia (prof. Edmund Żera), przekształcony później w Klinikę Kardiologii Instytutu Doskonalenia Kadr Lekarskich, a następnie CMKP.
Szpital był placówką rozwoju kadr dla kardiologii; w nim rozpoczynał pracę m.in. prof. Witold Rużyłło.
Szpital był również ważnym ośrodkiem rozwoju chirurgii; ordynatorami Oddziału Chirurgii byli prof. Jerzy Rutkowski i prof. Henryk Rykowski.
W szpitalu swoje początki miała chirurgia naczyniowa (Katedra i Klinika Chirurgii Naczyniowej CMKP), którą tworzyli i rozwijali m.in. prof. Wojciech Noszczyk i prof. Mieczysław Tylicki – twórca polskiej proktologii.
Możliwości rozwojowe szpitala były jednak ograniczone: w okresie powojennym, od czasu odbudowy, nie przeprowadzono remontu generalnego budynku, a plany jego rozbudowy nie zmaterializowały się.
NanoKnife jest światową nowością w leczeniu nowotworów. Urządzenie oparte jest na technologii tzw. nieodwracalnej elektroporacji (Irreversible Electroporation, IRE). Technologią tą mogą być leczeni pacjenci z potwierdzonym nieoperacyjnym nowotworem trzustki, wątroby lub prostaty nie poddającym się skutecznej chemioterapii lub radioterapii.
Nieodwracalna elektroporacja (IRE) jest nową nietermalną metodą ablacji polegającą na przepływie krótkich impulsów elektrycznych przez tkankę powodujących powstanie nieodwracalnych otworów w błonie komórkowej i zwiększenie jej przepuszczalności, a w konsekwencji śmierć komórki. Następnie martwe komórki usuwane są w sposób naturalny przez układ chłonny organizmu.
Jest to nowy sposób leczenia nowotworów i nie są dostępne wyniki długoterminowe. Do listopada 2012 wykonano na świecie 1350 procedur IRE: 705 w wątrobie, 231 w trzustce, 127 w prostacie, 71 w nerkach, 65 w płucach i 151 w innych lokalizacjach.