Pustynia w obecnej postaci jest pochodzenia antropogenicznego. W wyniku intensywnej działalności okolicznych mieszkańców na terenie pustyni poziom wód gruntowych opadł do tego stopnia, że uniemożliwiło to rozwój roślin. W połączeniu z intensywną wycinką lasów na potrzeby górnictwa i hutnictwa, rozwijających się w tych rejonach już od średniowiecza, spowodowało to odsłonięcie ok. 150 km² piasków (miąższość piasku dochodzi do 60 m), sięgających na południu aż w okolice Szczakowej. Pozostałości tej tzw. Dużej Pustyni Błędowskiej to już niemal całkowicie zarośnięta Pustynia Starczynowska na zachód od Olkusza oraz Dziadowskie Morze koło Boru Biskupiego w okolicach Bukowna.