Celem działania europejskiej sieci obszarów chronionych Natura 2000 jest powstrzymanie wymierania zagrożonych roślin i zwierząt oraz ochrona różnorodności biologicznej na terenie Europy. To program ochrony przyrody realizowany od 1992 r. we wszystkich państwach będących członkami Unii Europejskiej. W Polsce realizowany jest od 2004 r. od chwili wstąpienia Polski do Unii Europejskiej). Podstawą prawną dla funkcjonowania sieci Natura 2000 są dwie dyrektywy Unii Europejskiej: ptasia i siedliskowa. Wprowadzone zostały do prawa polskiego ustawą z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody. Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:
• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i zwierząt.
Obszary Natura 2000 są tak wyznaczane, aby obejmowały swoimi granicami największe w Polsce skupiska rzadkich gatunków i siedlisk, które chcemy chronić. W każdym obszarze chroni się tylko te gatunki, dla których obszar ten jest matecznikiem. W obszarach Natura 2000 nie zabrania się wszelkiej działalności tak jak w rezerwatach. Dozwolona jest każda działalność, która nie szkodzi gatunkom i siedliskom, które chcemy chronić właśnie w tym obszarze. Tylko szkodliwe rodzaje działalności są zabronione. Na przykład w obszarach, gdzie chronimy bociany zabrania się niszczenia łąk, ale można, a nawet trzeba je wciąż kosić, by bociany mogły tam żerować.
Obszary Natura 2000, które znajdują się w zasięgu Nadleśnictwa Rytel to:
• OSO „Bory Tucholskie" (o pow. 13839 ha) i "Wielki Sandr Brdy";
• SOO „Czerwona Woda pod Babilonem”, "Las Wolność", "Dolina Brdy i Chociny" (o łącznej pow. 535 ha) oraz "Sandr Brdy" (o pow. 563 ha).
Na terenie Nadleśnictwa Rytel znajdują się dwie ostoje ptaków:
• puchacz (Bubo bubo),
• bielik (Haliaeetus albicilla). Obydwa gatunki ptaków są przedmiotami ochrony w obszarach OSO "Wielki Sandr Brdy" oraz OSO "Bory Tucholskie" oraz mają ustanowione strefy ochrony całorocznej i okresowej.