Wieści o wierze chrześcijańskiej trafić mogły do Nowego stosunkowo wcześnie, oficjalnie zaś nową religię przyniósł na Pomorze i Prusy biskup Wojciech. Nowe miało być jedną z parafii pierwotnych, powstać tu miał swoisty kościół garnizonowy. 

Obecna fara ulokowana jest na miejscu wcześniejszego drewnianego kościółka, rozbieranego sukcesywnie od prezbiterium i odtwarzanego w kamieniu i cegle. Nastąpiło to pod koniec XIII wieku, prace wstrzymała wojna. Trwały one wiele lat, ukończono je dopiero w XV wieku, poprzez budowę wieży. Jest ona ulokowana nietypowo dla diecezji, z boku. Wieńczy ją krenelaż, kryje zaś dach namiotowy. Całość utrzymana jest w typowym dla Pomorza gotyku halowym. W średniowieczu całość przygotowano, poprzez zewnętrzne szkarpy i masywne filary w wnętrzu, do całkowitego przesklepienia. Wojny i kłopoty finansowe spowodowały jednak, że sklepienia założono jedynie w prezbiterium i zakrystii oraz kruchcie. Z zewnątrz farę zdobią szczyty, niestety popsute nieco jedną z XIX-wiecznych renowacji. 

W początkach XX wieku władze pruskie zgodziły się na powiększenie kościoła. Dokonano tego przez poszerzenie nawy północnej i przedłużenie nawy głównej o 3 przęsła /m.in. obecny chór muzyczny/. Założono też kolejny, czwarty szczyt, wzorowany na oryginalnych. Zdecydowano się również na przesklepienie całego wnętrza, wedle uproszczonego wzoru prezbiterialnego. Przy zbijaniu starych tynków okazało się wówczas, że ściany pokryte są polichromiami. Część z nich zachowano, pozostały wystrój świątyni tworzą rokokowe ołtarze. Freski te ukryto pod tynkiem przypuszczalnie w okresie, gdy użytkowali go krótko reformaci /1557-1581/. Na przełomie tysiącleci w okna wstawiono liczne witraże.

 

 

W 1282 roku książę pomorski Mszczuj II sprowadził do Nowego franciszkanów-minorytów. Nadał im parcelę ziemi, na której zakonnicy wznieśli kościół wraz z zabudowaniami klasztornymi.

W 1415 r. Konwent Minorytów uległ likwidacji, a na ich miejsce przyszli z Saksonii pokrewni im Bernardyni. W połowie XVI wieku kościół przejmują luteranie.

W 1604 kasztelan chełmiński Jerzy Konopacki osadził tu polskich Bernardynów przekazując im kościół poklasztorny i wszystkie zabudowania wraz z posiadłościami należącymi do poprzednich zakonników. Kościół pozostał w ich rękach do kasaty klasztoru w 1810 r. 

Po przejęciu kościoła przez Bernardynów dokonano sporych napraw i budowy m.in. zbudowano tajne, podziemne przejście, z którego można było korzystać w razie niebezpieczeństwa. Z wdzięczności za hojność bernardyni urządził Jerzemu Konopackiemu kaplicę i grobowiec, w którym został pochowany. W grobowcu tym chowana później była cała jego rodzina. 

Spokój Ojców Bernardynów zakłóciły wojny szwedzkie. W 1627 Szwedzi złupili i zajęli miasto oraz klasztor. Największych kradzieży i zniszczeń dokonały oddziały szwedzkie 26 stycznia 1656 roku. Miasto płonęło przez kilka dni. Spłonęła wówczas większa część miasta, zabudowania klasztorne i kościół Bernardynów. Ocalało tylko pięciu zakonników. Dzięki ofiarności ludzi w 1658 r. rozpoczęto naprawę spalonego kościoła, a w 1668 zostaje dokonany jego gruntowny remont. Ponad wiek później wnętrze zostało zupełnie przekształcone. Przebudowano korpus a trójnawową halę barokową, zakryto grobowce, a kamienie nagrobkowe przeniesiono pod ołtarz.

Podczas walk napoleońskich w 1813 r. urządzili Francuzi w klasztorze lazaret dla żołnierzy chorych na tyfus. Kościół poniósł wówczas wielkie szkody.

Po śmierci ostatniego Bernardyna w Nowem, ks. Romana Waxa (zm. 1822 r.), wszystko co zostało w kościele przekazano innym parafiom. Część znalazła się w farze oraz kaplicy św. Jerzego. Kościół już nigdy nie miał pełnić funkcji sakralnych.

W połowie XIX wieku zostają rozebrane zabudowania, które były jeszcze w dobrym stanie, a kościół zostaje przekazany ewangelikom.
25 października 1899 roku kościół spłonął w pożarze południowej części miasta, a na jego fundamentach zbudowano nowy, w stylu neogotyckim z dodaniem wieży. Ze starego kościoła zachowała się jedynie krypta z 1311 roku , wsparta na jednym filarze oraz średniowieczne prezbiterium.
Kościół uległ dużemu zniszczeniu podczas działań wojennych w 1945 roku. Jeszcze krótko po wojnie odbywały się tam nabożeństwa. Później został przekształcony na magazyn. Odrestaurowany w latach 80-tych XX wieku na cele sakralne. 

 

informacje z www.miasto-nowe.com

 

Skrzynka ukryta przy jednym z kościołów, drugi zwiedzamy na własną rękę.