Początki skrzatuskiego sanktuarium sięgają burzliwych czasów reformacji. W 1575 r. protestanci napadli na kościół w Mielęcinie koło Tuczna, w którym znajdowała się otoczona kultem gotycka figura Matki Bożej Bolesnej z początku XV w. Napastnicy zrabowali drogocenne wota, a rzeźbę - jako przejaw katolickiego "bałwochwalstwa" - wrzucili do jeziora. Na szczęście w pobliżu znalazł się jakiś pobożny garncarz z Piły, który uratował figurę i wracając do domu, zostawił ją w Skrzatuszu. Cudowne znaki doprowadziły rychło do przeniesienia jej do miejscowego kościoła i rozwoju ruchu pielgrzymkowego. W 1660 r. wizerunek został oficjalnie uznany za cudowny przez biskupa poznańskiego Wojciecha Tolibowskiego. Dwadzieścia lat później sanktuarium odwiedził sam król Jan III Sobieski, który potem - w podzięce za wiktorię wiedeńską - przyczynił się do wzniesienia tutaj murowanego kościoła w stylu barokowym. Ściany ozdobiono malowidłami przedstawiającymi sceny z życia Matki Bożej i dzieje cudownej figury, które dzięki iluzjonistycznej perspektywie zdają się poszerzać wnętrze tej stosunkowo wąskiej, jednonawowej świątyni. Ołtarz główny ma formę tzw. konfesji, czyli baldachimu wspartego na czterech spiralnych kolumnach, podobnego do słynnego dzieła Berniniego z Bazyliki św. Piotra w Watykanie.

Kult skrzatuskiej Madonny przetrwał rozbiory, kiedy to okolice Wałcza zostały prawie całkowicie zgermanizowane, i odrodził się po 1945 r. W 1988 r. figura została ukoronowana przez prymasa Polski kard. Józefa Glempa. Skrzatusz jest obecnie głównym sanktuarium maryjnym diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej, odwiedzanym co roku przez kilkadziesiąt tysięcy wiernych. Na początku sierpnia wyrusza stąd diecezjalna pielgrzymka na Jasną Górę. 

W zakrystii kościoła przechowywana jest kolekcja staropolskich portretów trumiennych, przedstawiających pośmiertne konterfekty członków okolicznych rodzin szlacheckich. Jest wśród nich podobizna starszego mężczyzny z długimi włosami i koronkowym żabotem, cudzoziemca wyróżniającego się w gronie podgolonych czubów kontuszowej szlachty. To Jerzy Klejna, dragon pruski, pogromca Kozaków, Tatarów, Rosjan, Szwedów, Siedmiogrodzian i Turków, który w 1662 r. na wniosek króla Jana Kazimierza został nobilitowany przez sejm za zasługi wojenne i otrzymał herb Wilcza Głowa. Od tegoż króla Klejna dostał również majątek Wiesiółka pod Skrzatuszem, gdzie osiadł z żoną Anną, córką burmistrza z Nowego Wałcza, z którą miał sześcioro dzieci. Gdy w 1689 r. zmarł, jego utrudzone licznymi bojami ciało złożono do grobu pod posadzką skrzatuskiej świątyni.

Pojemnik to mały mikrusek ukryty na jednej ze stacji Drogi Krzyżowej.