Miejsce
Świątynia klasztorna to mały, jednonawowy kościół pod wezwaniem Matki Bożej Łaskawej, zwany dawnym lub pierwotnym. Przylega bezpośrednio do konwentu. Jej budowę rozpoczęto w 1540 roku, wkrótce po osiedleniu się kapucynów w San Giovanni Rotondo. Teren pod budowę klasztoru i kościoła, wraz z ogrodem i winnicą przekazał zakonowi Orazio Antonio Landi.
Po 136 latach od rozpoczęcia budowy, 5 lipca 1676 roku, świątynię konsekrowano, nadając jej tytuł Matki Bożej Łaskawej (Santa Maria delle Grazie) – szczególnej opiekunki miasta. Jej otaczany czcią obraz, namalowany na płótnie na przełomie XIII i XIV wieku, koronowano w 1959 roku i umieszczono w głównym ołtarzu. W XIX wieku kościół popadł w ruinę, dzieląc los innych obiektów sakralnych. Wiązało się to z dwukrotną kasatą klasztoru: w 1810 roku przez Józefa Bonapartego (po siedmiu latach kapucyni wrócili do konwentu) i w 1867 roku przez księcia sabaudzkiego, Eugeniusza. W 1909 roku zakonnicy odzyskali klasztor, a siedem lat później przybył doń Ojciec Pio.
Z powodu licznie napływających do San Giovanni Rotondo wiernych (w 1954 roku Ojciec Pio rozpoczął odprawianie Mszy Świętych na otwartej przestrzeni przed klasztorem) w latach pięćdziesiątych XX wieku obok dawnego zakonnego kościółka wzniesiono współczesną bazylikę. Obie świątynie są dedykowane Matce Bożej Łaskawej.
Bazylika jest dziełem architekta Giuseppe Gentile. Prace budowlane przy jej wznoszeniu rozpoczęto 2 lipca 1956 roku, a już trzy lata później, 10 lipca 1956 roku, bp Paolo Carta z Foggii konsekrował nowo powstałą świątynię. Kilka dni wcześniej – 2 lipca – odbyła się uroczystość koronacji słynącego łaskami obrazu Matki Bożej Łaskawej koronami papieskimi, której dokonał kard. Federico Tedeschini.
Obecnie również ta świątynia okazała się zbyt mała dla przybywających pielgrzymów, dlatego w 1993 roku rozpoczęto przygotowania do budowy trzeciego, monumentalnego kościoła. Jego uroczyste otwarcie nastąpiło w 1 lipca 2004 roku, został on dedykowany świętemu Ojcu Pio (Chiesa San Pio).
Cache
Skrzynka założona podczas pielgrzymki na kanonizację papieża Polaka Jana Pawła II.
Poemnik ukryty w skałach, pomiędzy III a IV stacją Drogi Krzyżowej biegnącej zboczem wzgórza Castellano.